Первая часть, составленная по материалам архивов Патриарших приказов, была посвящена истории московских храмов. Масштабный замысел И.Е. Забелина реализовывался в осуществлявшихся им параллельно исследованиях по частным темам московской истории. Так появились книга «Преображенское, или Преображенск, московская столица достославных преобразований первого императора Петра Великого» (М., 1883 г.), статьи «Опричный дворец Ивана Васильевича», «Построение первой на Руси церкви в честь Пречистой Богородицы “Неопалимой Купины”», «Подземные хранилища Московского Кремля» и др. В 1902 г. был издан первый том «Истории города Москвы», посвящённый истории Кремля. В работу вошёл большой раздел о жизни Патриаршего двора в XVI–XVII вв., по сути, являвшийся частью задуманного И.Е. Забелиным обширного исследования о быте русского народа. Вплоть до последних дней жизни он не прекращал работать над вторым томом «Истории города Москвы», который остался незавершённым. После смерти И.Е. Забелина рукопись в течение нескольких лет готовилась к изданию его дочерью М.И. Забелиной, но революционные события 1917 г. помешали осуществлению этого проекта. В огромном научном архиве И.Е. Забелина черновики «Истории города Москвы» оказались разрозненными и долгое время считались утраченными. В начале 2000 гг. второй том «Истории города Москвы» был реконструирован, опубликован в 2003 г. В этой книге автор вновь обратился к теме собирания русских земель и становления российской государственности в XII–XV вв. Один из фрагментов второго том посвящён царствованию Ивана IV Васильевича, в котором историк отмечает особое значение религии в жизни царя. В последних работах И.Е. Забелина наиболее полно выразились его представления о роли православия в средневековой Руси, были сформулированы историко-философские и религиозные концепции. Будучи, по собственному признанию, «по рассудку» человеком неверующим, как исследователь он осознавал неразрывность материальных и духовных проявлений в средневековом обществе, высоко оценивал социальную и политическую роль церкви в Древней Руси. И.Е. Забелин почитал митрополита Петра, которого называл «сокровищем народной жизни». В русских святых для него воплощались одновременно духовная и политическая добродетели. По мысли И.Е. Забелина, даже монахи являлись людьми исторического делания, поскольку они молились о прощении грехов правителей, которые силой и жестокостью создавали земское единство – залог благоденствия народа.