В 1956 г. издал брошюру «О мнимом материализме русской науки и философии», содержание которой свидетельствует о том, что он внимательно следил за литературой по истории русской философии, выходящей в СССР. В 1957 г. вышел его труд «Апологетика». В 1961 г. церковная, научно-педагогическая общественность и учащаяся молодёжь русского зарубежья отметила 80-летие В.В. Зеньковского, 30-летие его научной деятельности и 25-летие работы в епархиальном собрании экзархата; в приветственном письме архиепископ Сан-Францисский Иоанн (Шаховской) назвал В.В. Зеньковского «духовным отцом русских педагогов и русской молодёжи». В 1961 г. была издана книга «Гоголь» – итог многолетних занятий В.В. Зеньковского; в 1960–1964 гг. вышел его двухтомный труд «Основы христианской философии». В.В. Зеньковский похоронен на кладбище Сент-Женевьев-де-Буа под Парижем. Его итоговый труд в области теоретической философии, задачей которого была разработка основ познания во Христе – «Основы христианской философии», который должен был по своему замыслу включать три тома: первый – христианское учение о познании, второй – христианское учение о мире и третий – христианская антропология; однако третий том не был написан. Уже в начале сочинения В.В. Зеньковский ставил один из главных вопросов своего исследования, возможна ли христианская философия, и отвечал на него утвердительно в отличие от новоевропейской философии, которая, по его мнению, под влиянием западного богословия отпала от понимания целостности христианского разума и стала придерживаться учений об «автономном разуме» и «чистой философии», дедуцирующих мир из самого мышления. Считая, что учение о «беспредпосылочных началах» принадлежит не античной философии, которая ранней христианской мыслью была понята ошибочно в отрыве от языческой религии, а Новому времени, противопоставившему философию и религию, В.В. Зеньковский не только отрицал достоверность этого учения, но и категорически утверждал (в согласии с учениями Владимира Францевича Эрна, Евгения Николаевича Трубецкого, Б.П. Вышеславцева), что поиски «беспредпосылочной основы философии» обречены на неудачу, что «сама природа мысли нашей связывает наше мышление с категорией абсолютности», и потому наша мысль «неизменно движется в линиях религиозного сознания». Это отношение нашей мысли к абсолютному (сознанию), по его мнению, свидетельствует о неразрывной связи между философией и религией. Она обнаруживается в единстве Бога и человека, веры и разума, естественного и благодатного порядков и образует исходный пункт и основание христианской философии; из этого единства исходили отцы и учители церкви, исповедовавшие христианство как религию Логоса. Полагая, что «христианская философия возможна», и считая необходимым определить границы её предметной области, В.В. Зеньковский писал: «Но есть ли у христианской философии какая-либо особая тема, которая отличала бы её от догматики? Конечно, да. Догматика есть философия веры, а христианская философия есть философия, вытекающая из веры. Познание мира и человека, систематическая сводка основных принципов бытия не даны в нашей вере, они должны быть построяемы в свободном творческом нашем труде, но в свете Христовом».