Состоял почётным членом Воронежского, Новгородского и Полтавского церковно-археологических обществ, Новгородского общества любителей древности, членом Нижегородской губернской архивной комиссии, был участником археологических съездов, читал лекции по архивоведению. 29 января 1918 г. имущество Синода было конфисковано. После реорганизации архивного дела и создания Единого государственного архивного фонда 19 июля 1918 г. было образовано Петроградское отделение. К.Я. Здравомыслов возглавил второе отделение четвёртой секции Петроградского отделения, объединившего все архивы духовного ведомства (основу второго отделения составили бывший архив и библиотека Синода). Под его руководством в 1919–1922 гг. работали многие профессора Петроградской духовной академии после её закрытия (И.Г. Айвазов, А.И. Бриллиантов, А.А. Бронзов, В.М. Верюжский, Н.Н. Глубоковский, И.А. Карабинов, протоиерей П.И. Лепорский, П.С. Смирнов, Б.В. Титлинов). Благодаря деятельности этого отделения были спасены от гибели архивы и библиотеки Петроградских духовной академии и духовной семинарии, Александро-Невской лавры, Петроградской духовной консистории, Римско-католической коллегии, многих санкт-петербургских церквей и монастырей. На первой конференции архивных работников Петрограда К.Я. Здравомыслов председательствовал на одной из секций и выступал с докладом «Так называемый «секретный архив» второго отделения четвёртой секции». Осенью 1925 г. был переведён на должность старшего архивиста, но продолжал работать во втором отделении Историко-культурной секции (название четвёртой секции с 1923 г.). В 1926 г. в журнале «Красный архив» была опубликована его последняя работа. В марте 1929 г. он был арестован, после четырёх месяцев тюремного заключения выслан в административном порядке на три года, жил во Владимире, в Рыбинске, в Юрьеве-Польском, в Твери. В конце декабря 1932 г. вернулся в Ленинград, но с введением единой паспортной системы был вынужден уехать на родину. Остался неопубликованным главный труд К.Я. Здравомыслова – «Биографический словарь иерархов РПЦ с введения на Руси христианства до 1918 г.». Он начал составлять словарь в 1890 гг. и собирался закончить работу к 200-летнему юбилею Синода (февраль 1921 г.). Наибольшую ценность представляют статьи об иерархах синодального периода, написанные на основе материалов архива Синода с привлечением «секретного архива» и содержащие большое количество сведений. По объёму словарь существенно превзошёл хронологические перечни русских архиереев, издававшиеся Синодом до революции (словари Ю.В. Толстого, П.М. Строева, Н.Н. Дурново и др.). Лишь словарь митрополита Мануила (Лемешевского) содержит больше сведений и библиографических данных, при этом биографии у К.Я. Здравомыслова более точные. В качестве иллюстраций для словаря предполагалось использовать специально собранную коллекцию Киевского митрополита Флавиана (Городецкого): четыре альбома фотоснимков, в которые было включено около 740 портретов архиереев со времени учреждения Синода по 1910 гг. (в том числе фотографии с живописных портретов). Здравомыслов был женат на дочери протоиерея В.М. Гиляровского, издал Собрание его проповедей (СПб., 1905. 2 т.). Награждён орденами св. Анны второй степени (1905 г.), св. Владимира четвёртой степени (1907 г.), св. Станислава первой степени (1916 г.). Главные труды: V, X, XI, XIV, XX, XXI и XXXIV тома «Описания документов дел Синодского архива»; Х т. «Полного собрания постановлений и распоряжений по ведомству православного исповедания» за 1738–1741 гг.; «Опись документов и дел бывшей комиссии духовных училищ» за 1808–1839 гг.; «Архив и библиотека Святейшего Синода и консисторские архивы» (СПб., 1906 г.); «Сведения о консисторских архивах и церковно-археологических учреждениях в епархиях» (СПб., 1908 г.); «Иерархи Новгородской Епархии от древнейших времён до настоящего времени» (Новгород, 1897 г.); «Раскольничьи мощи» (СПб., 1897 г.); «Смутное время на Руси и тогдашние русские люди» (СПб., 1913 г.); «Двухсотлетие Александро-Невской лавры» (СПб., 1913 г.); «Святой великий князь черниговский Михаил и боярин его Феодор» (СПб., 1913 г.).