Серьёзным испытанием для него стала война с султаном Адаля Ахмадом Бадлаем, но победа над его войском и гибель самого Бадлая в 1445 г. привели к подчинению мусульман Адаля христианской эфиопской монархии. Около 1439–1441 гг. Зара-Якоб отправил делегацию во главе с диаконом Петром на Ферраро-Флорентийский собор (вероятно, от эфиопских послов картографы флорентиец Пьетро дель Массайо и венецианец монах Фра Мауро получили сведения, необходимые для точного изображения Эфиопии на своих картах), а в 1450 г. во главе с сицилийцем Пьетро Ромбуло – к Римскому папе Николаю V (1447–1455 гг.) и королю Альфонсу V Арагонскому (1416–1458 гг.). Стремясь подчинить себе церковь, Зара-Якоб предпринял действия, направленные на ослабление власти Эфиопского митрополита. В 1438 г., в период относительного улучшения отношений Эфиопии с мамлюкским Египтом, он послал щедрые дары султану Барсбаю и во многом благодаря этому из Египта в Эфиопию был направлен не один митрополит, как прежде, а два – Гавриил и Михаил (царь выделил им епархии соответственно в Шоа и Амхаре). В 1454 г. к ним присоединился Иоанн, ставший епископом Аксума. В 1441 г. Зара-Якоб получил от коптского патриарха Иоанна послание, где сообщалось о разрушении мамлюками коптского монастыря, находившегося на пути эфиопских паломников на Святую землю и известного под арабским названием Дейр-эль-Магтис (или Дейр-эль-Мигтас – монастырь купели). Узнав об этом, Зара-Якоб основал в местности Тэгулет на северо-востоке Шоа царскую церковь и монастырь при ней, назвав их Дэбрэ-Метмак (перевод на геэз наименования уничтоженной обители). Новый монастырь вошёл в состав Дэбрэ-Либаносской конгрегации, а его настоятелем стал эччеге обители Дэбрэ-Либанос (последние сведения о монастыре относятся к 1470 гг.). 15 февраля 1450 г. в церкви Дэбрэ-Метмак Зара-Якоб открыл церковный Собор, на котором был поднят вопрос о почитании субботы по ветхозаветным правилам, которое отстаивалось монашеским движением евстафиан. По настоянию царя, председательствовавшего на Соборе, почитание субботы было признано соответствующим церковным канонам, а обоим митрополитам, Гавриилу и Михаилу, пришлось одобрить это решение и довести его до сведения коптского клира в Египте. Таким образом, произошло окончательное примирение царской власти в лице Зара-Якоба с евстафианами, которые к тому времени отошли от строгого нестяжательства и подчинились царю в обмен на его готовность признать каноничность субботствования. Вскоре после этого Зара-Якоб начал преследование стефанитов. В качестве предлога было использовано якобы недостаточное почитание ими Пресвятой Богородицы. В 1454 г. в одну из царских ставок доставили несколько десятков стефанитов, которых подвергли изощрённым пыткам, а затем казнили. Это место, находящееся на севере Шоа, царь назвал Дэбрэ-Бырхан (гора света) и учредил там постоянную резиденцию. После Дэбрэ-Метмакского собора начался второй период правления Зара-Якоба. Он попытался заменить прежнюю, военно-административную систему управления (в основе которой лежал сбор дани царём в ходе его регулярного перемещения по подвластным землям) новой, дворцово-вотчинной системой, при которой царь поручал управлять отдельными частями и отраслями государства уже не личным слугам и военачальникам, а специальным чиновникам-министериалам.