Борьба двух направлений, которые были представлены, с одной стороны, сторонниками Иосифа Волоцкого, а с другой – заволжскими старцами, была очень упорной, но, в конце концов, окончилась победой первых, так что великий князь Василий Иванович велел всех еретиков жидовствующих, освобождённых его отцом, вновь заключить в темницу на всю жизнь. Что касается вотчиновладения монастырей, представлявшего в то время крупное зло монашеской жизни, то заволжские старцы полагали, что цель монашеской жизни, прежде всего, состоит в нравственном совершенствовании, а забота о материальных средствах меньше всего совместима с идеей монашеского служения. Монахи же, забыв своё призвание, стараются захватить как можно больше сёл и деревень в своё владение. Единственное спасение для поднятия нравственного авторитета монашества, это отобрание у монастырей вотчин, которые, по выражению Нила Сорского, являются для монастырей «ядом смертным». Поскольку поднятый заволжскими старцами вопрос касался очень большого вопроса жизни не только чёрного, но и белого духовенства, то понятно, что он произвёл большое волнение среди того и другого и против заволжских старцев ополчилась большая партия во главе с Иосифом Волоцким. В возгоревшейся полемике между представителями белого и чёрного духовенства и заволжскими старцами особенно выделился со стороны старцев Вассиан Патрикеев, написавший в защиту проповедуемого ими взгляда два Слова с предисловием. В своей полемике он не поколебался отнестись критически к тем святоотеческим произведениям, в которых содержатся мнения, благоприятные для вотчиновладения, и которыми защитники вотчиновладения пользовались для доказательства справедливости своего взгляда. Такие положения, заимствованные Иосифом Волоцким из святоотеческой литературы, которые оправдывали монастырское вотчиновладение, он открыто называл «человеческим преданием и языческим обычаем, ими же имя Божие хулимо есть». Заволжские старцы не были политиками и борцами (кроме Вассиана), но жизнь вызвала их на борьбу, особенно страстную в вопросе о смертной казни еретиков (1504–1506 гг.). К этому времени исследователи относят два «Послания заволжских старцев», из которых первое до нас не дошло. Второе было посвящено возражению на послание Иосифа Волоцкого «О том, что грешника и еретика всё равно как убить, руками или молитвой». Заволжские старцы утверждали, что нераскаянных еретиков отнюдь не следует предавать смерти, достаточно заключить их, но и не в заключении главное: первый долг церкви – кротость; раскаявшиеся еретики не должны нести кары. «Послание» развивает на конкретных библейских примерах ту мысль, что Иосиф Волоцкий не знает, какого он духа, не разумеет Евангелия, забыл завет Спасителя прощать до семижды семидесяти раз; они предлагают Иосифу Волоцкому самому убить еретика молитвой. Судя по заглавию, «Послание» является коллективным трудом; его приписывают еще Вассиану Патрикееву. Сначала, при Василии III, заволжские старцы имели успех, но постепенно они впадали в немилость: их критицизм, их гуманность и терпимость были не ко двору в догматически невежественной и обрядовой Москве. Ближайшей же причиной гибели заволжского направления было то, что оно было честным политически, чего нельзя сказать об их противниках – иосифлянах; они отстаивали свободу церкви и были близки к боярской оппозиции XVI в. Виднейшие заволжские старцы и их друзья попали в число русских политических и религиозных мучеников, в том числе последний из заволжских старцев – Артемий.