«Американский раскол» (см. ст. Миливоевич Драголюб), который произошёл в 1963 г. в конце 1960 гг., отразился и на сербской православной общине в Зальцбурге. В 1992 г. раскол был преодолён и община Зальцбурга наряду с другими общинами Австрии вошла в Среднеевропейскую епархию СПЦ. В 2008 г. в Зальфельдене (земля Зальцбург) была построена первая собственная церковь СПЦ. При церкви Покрова Пресвятой Богородицы в Зальцбурге действует православная община Германской епархии РПЦЗ. С конца XIX – начала XX вв. окормление осевших в Зальцбурге православных эмигрантов из России было возложено на приезжавшего православного священника из города Баден (земля Нижняя Австрия). В начале 1944 г. православные Зальцбурга обратились к Синоду РПЦЗ с просьбой назначить постоянного священника. В ответ из Берлина последовал отказ Министерства по вопросам религии. Лишь после войны было осуществлено организационное оформление прихода и общины в Зальцбурге. В 1947–1965 гг. здесь располагалась резиденция архиепископа Австрийского и Венского Стефана (Севбо). После Второй мировой войны значительная часть православных проживала в лагерях для перемещенных лиц, в частности, в Парше. Там была организована школа, проводилась активная миссионерская работа. 26 июня 1964 г. состоялось освящение нового здания кафедральной церкви Покрова Пресвятой Богородицы, до этого располагавшейся в бараке лагеря Парш, а после пожара в лагере – в одном из зданий общины в городе. После смерти архиепископа Стефана (1965 г.) Австрийской епархией РПЦЗ управлял архиепископ Женевский и Западноевропейский Антоний (Бартошевич). В 1971 г. он передал управление епископу Нафанаилу (Львову; с 1981 г. – архиепископ Брюссельский и Западноевропейский). В 1988 г. Австрийская епархия РПЦЗ была реорганизована в благочиние. С 2000 г. руководство благочинием осуществляет Берлинско-Германский и Великобританский архиепископ Марк (Арндт). В настоящее время в Зальцбурге служит иерей РПЦЗ Сергий Киселёв. С конца 1960 гг. при церкви Святой Троицы действует приход св. архангелов Михаила и Гавриила Румынской православной церкви (митрополия Германии и Центральной Европы). На средства Румынской церкви и ряда экуменических организаций была возведена приходская деревянная церковь (освящение состоялось в ноябре 2007 г.). Зальцбург – один из наиболее сохранившихся исторических городов германских земель. В 1996 г. исторический центр города был включён в список Всемирного наследия ЮНЕСКО.