С 1278 г. исследователи говорят о независимом церковном княжестве Зальцбург (княжестве-архиепископстве). Однако вскоре архиепископам Зальцбурга пришлось отстаивать свою независимость от посягательств сына Рудольфа, Альбрехта I, которому были переданы Австрия, Каринтия и Штирия. В борьбе за престол между Людвигом Баварским и Филиппом III Красивым Зальцбург снова поддержал Габсбургов, но после поражения коалиции в битве при Мюльдорфе (1322 г.) церковное княжество было включено в Баварское герцогство. Однако издание в 1328 г. «Земельного уложения» Зальцбург свидетельствует о том, что архиепископство вновь обрело независимость. Это событие считается началом истории земли Зальцбург. Название «Земля церкви Зальцбурга» («Land des Gottshauses Salzburg») получило распространение во второй половине XIV в. В церковное княжество кроме архиепископства Зальцбург входили территории в Тироле, Каринтии и Штирии. Административное управление осуществлялось тремя наместниками архиепископа, резиденции которых находились в Зальцбурге, во Фризахе и в Лайбнице. Некоторые земли управлялись «частными епископами». Городские дела Зальцбурга рассматривал совет из 12 человек, назначаемых архиепископом. О бургомистрах впервые упоминается в 1374 г. В конце XIV в. новая попытка присоединить Зальцбург к Баварскому герцогству не увенчалась успехом, встретив сопротивление местного населения, поддерживавшего независимость земли. В XV в. княжество Зальцбург находилось в упадке, причинами которого были как недовольство населения политикой архиепископов, так и усиление турок, опустошавших владения архиепископства, особенно в Каринтии. Вторая половина XV в. характеризуется противостоянием Зальцбургских архиепископов германскому императору и австрийскому эрцгерцогу Фридриху III (1452–1493 гг.). Стремление последнего к укреплению своей власти в Австрийском герцогстве сталкивалось с сепаратизмом магнатов, которые, в свою очередь, поддерживали любых оппозиционных кандидатов на австрийский престол. В 1481 г. император отстранил архиепископа от городского управления, пожаловав горожанам право свободного выбора бургомистра и городского совета. В войне венгерского короля Матьяша Хуньяди против императора (1479–1490 гг.) архиепископ Бернхард фон Рор поддержал Венгрию. Со смертью Матьяша Хуньяди эрцгерцогу Фридриху III удалось взять верх над венграми и союзниками; Зальцбургское княжество утратило важнейшие опорные пункты: Петтау (ныне Птуй, Словения), Ранн (ныне Брежице, Словения) и Гмюнд (Австрия). Лишь после смерти императора архиепископу Леонарду фон Койтшаху (1495–1519 гг.) удалось вернуть себе власть над городом и добиться определённой устойчивости княжества. Зальцбургский архиепископ кардинал Маттеус Ланг (1519–1540 гг.) боролся с протестантами, что вызвало недовольство в среде горожан. Следствием стали городское восстание, жестоко подавленное (так называемая латинская война, 1523 г.), и ряд крестьянских выступлений. Решительные меры Ланга позволили ему стабилизировать положение в княжестве: до XVIII в. серьёзных волнений на религиозной почве в Зальцбурге не происходило. Укреплению положения архиепископов способствовало и новое законодательство.