В 955 г. архиепископ Герольд был ослеплён и сослан за бунт против германского императора Оттона I. Поддержав императора Оттона III, архиепископ Гартвиг в 996 г. добился разрешения чеканить собственную монету и собирать часть имперских податей. Однако уже архиепископ Гебхард (1060–1088 гг.) возглавил оппозицию императору на немецких землях. В 1077 г. для усиления обороны Зальцбурга он заложил крепость Хоэнзальцбург. В ходе реорганизации церковно-административных структур в архиепископстве и миссионерской деятельности в Каринтии Гебхард основал в городе Гурк (1072 г.) подчинённое Зальцбургу «частное епископство» без соборного капитула и права сбора десятины, где с одобрения папы Римского и императора архиепископ сам мог назначать и вводить в должность епископа (с правами хорепископа). Позднее кафедры «частных епископств» были созданы в Кимзе (1216 г.), Зеккау (1218 г.) и Лафанте (1226 г.). Союз с Римом позволил Зальцбургским архиепископам добиться определённых привилегий. В 1026 г. архиепископ Титмар II получил от папы Иоанна XIX (1024–1032 гг.) право на использование выносного креста, а также полномочия в исключительных случаях принимать решения по делам, находящимся в папской юрисдикции. С самостоятельной политикой архиепископов Зальцбурга было покончено при императоре Фридрихе I Барбароссе (1152–1190 гг.), который сначала ввёл в Зальцбурге имперское управление (1169 г.), а затем сместил с кафедры архиепископа Адальберта III (1174 г.). Сменивший его архиепископ Конрад III (1177–1183 гг.), а потом и сам Адальберт III во время второго пребывания на кафедре (1183–1200 гг.) были уже более лояльными к власти германского императора. Вместе с тем Конраду III удалось добиться статуса постоянного папского легата (legatus natus) в церковной провинции Зальцбург (1179 г.). При нём и Адальберте III была проведена перестройка Зальцбурга, в том числе кафедрального собора, пострадавшего от пожара в 1167 г. Опираясь на авторитет императора, преемник Адальберта III Эберхард II (1200–1246 гг.) продолжил укреплять церковную власть (учреждение «частных епископств», монастырская реформа, покровительство торговле и ремеслам), и это привело к созданию богатого и сильного церковного княжества Зальцбург во главе с архиепископом. В 1213 г. Зальцбургский архиепископ был признан одним из князей Священной Римской империи, что означало официальное подтверждение его светской власти над территорией архиепископства. Впоследствии Зальцбургские иерархи активно участвовали в политической жизни империи. Во время междуцарствия в империи архиепископы Зальцбурга поддерживали различных кандидатов, нередко вступали в конфронтацию с папой Римским. Филипп Шпанхаймский, избранный (electus) в 1247 г. на кафедру Зальцбурга, в 1257 г. был смещён папой Александром IV под предлогом того, что тот так и не был рукоположён. Назначенный на его место архиепископ Ульрих Зеккауский (1257–1265 гг.), как и его преемник Владислав Силезский (1265–1270 гг.), ставленник чешского короля Пржемысла II Отакара, фактически не мог проводить самостоятельную политику. Архиепископ Фридрих II Вальхенский (1270–1284 гг.) поддержал Рудольфа Габсбурга в его борьбе с Отакаром, что заметно упрочило положение Зальцбурга в империи.