Понимая, что образование колхоза приведёт к их выселению, монахини возвещали «второе пришествие Антихриста», слугами которого называли коммунистов. Решением Елецкого окружного отдела постоянного представительства (ПП) ОГПУ по ЦЧО сёстры обвинялись в выступлении против коллективизации. Последний духовник священник Гордей Иванович Аргунов всячески поддерживал игуменью Мелитину в её попечении о сохранении общины, богослужения в Вознесенском соборе совершались ежедневно. 10 февраля 1930 г. оперуполномоченный Елецкого окротдела ОГПУ по Центральночернозёмной области Донцов постановил принять к производству дело по обвинению бывших сестёр и священнослужителей монастыря в деяниях, подпадающих под статью 58-10 УК, после чего в первой половине февраля была «произведена ликвидация группировки» (Государственный архив Липецкой области) из 15 человек. Ворвавшимся в монастырь чекистам насельницы пытались оказать сопротивление, забаррикадировав окна и двери. На требовательный стук в дверь монахиня Мария (Богомолова) заявила: «Пусть власть ломает дверь и силой выводит нас отсюда, а мы добровольно не уйдём!» (Государственный архив Липецкой области). Арест и закрытие Задонского монастыря были проведены столь быстро, что жители Тюнина о случившемся узнали лишь на рассвете, когда защищать было уже некого. Вместе с насельницами из разорённой обители вывезли и принадлежавшее им имущество. Составленный ОГПУ реестр конфискованного даёт исследователям представление о том, в какой нищете пребывали в 1920 гг. насельницы. В описи, насчитывавшей 612 пунктов, упомянуты «ветхое одеяло – 1; пшено в ведре – 1; банка с пшеном – 1; пальто ветхие ситцевые – 2; дерюги хлопковые – 2; примус – 1; ящик, в котором находятся сумочки с мукой – 1; валенки подшитые – 1; старых пальто – 3; старых юбок – 6» и т.д., вплоть до носовых платков и нижнего белья (Государственный архив Липецкой области). Игуменья Мелитина и священник Гордей Аргунов были арестованы 12 февраля 1930 г. и 13 мая решением Тройки при ПП ОГПУ по ЦЧО по внесудебному рассмотрению дел приговорены к расстрелу. По преданию, их расстреляли в елецкой окружной тюрьме. К лишению свободы были приговорены: иеродиакон Серафим (Меренков Сергей Дмитриевич) – на десять лет; монахини Мелания (Теняева), Агния (Букреева Анисья Васильевна), послушницы П. Подоприхина, Н. Селищева, С. Столбовских – на пять лет; Студёникина Пелагея Семёновна (предположительно монахиня), Родионова Евдокия Петровна (предположительно монахиня), послушница-звонарка Е.Ф. Юркина – на пять лет; монахини Антония (Родионова Анастасия Петровна), Мария (Богомолова Мария Ивановна) и Кирилла (Кретинина Ксения Ивановна), послушница М.И. Кретинина – на три года.