С июня 1877 г. до окончания Русско-турецкой войны в 1878 г. шесть инокинь находились на полях сражений в качестве сестёр милосердия. Стараниями монахини Поликсении были нормализованы отношения с ктитором В.А. Викулиным, который перед кончиной не только способствовал возвращению в распоряжение Задонского монастыря корпуса богадельни с Александро-Невским храмом, но и пожертвовал обители каменный дом с пристройками в Задонске. Новая настоятельница монахиня (с 1897 г. – игуменья) Клавдия (Нарциссова Ксения Ивановна) в 1901 г. была награждена наперсным крестом. К 1891 г. в Задонском монастыре проживали 50 монахинь, 62 послушницы, шесть наёмных рабочих, 12 призреваемых в богадельне, 10 обучавшихся рукоделию и ремёслам; в 1901 г. – 45 монахинь и 86 послушниц (21 указная, 65 «на испытании»), в 1914 г. – 54 монахини и 77 послушниц, два священника и диакон в штате обители. Задонскому монастырю оказывали духовную поддержку задонские затворник Стратоник (Георгий Алексеевич Машурин), подвижница Матрона Наумовна Попова (монахиня Мария), настоятели Богородицкого монастыря Димитрий (Григорьев), иеромонах Геронтий (Кургановский) и др. Затворник Стратоник в письме ктиторше Т.Г. Викулиной свидетельствовал, что сёстры «содержат себя собственными трудами, поэтому и не требуют иного содержания, разве только помощи и назидательного призрения», и просил её покровительствовать «бедным поселянкам». Активное участие в устроении Задонского монастыря принял митрополит Исидор (Никольский), обитель посещали архиепископы Серафим (Аретинский), Анастасий (Добрадин), епископы Вениамин (Смирнов) и Владимир (Шимкович). Первая в обители церковь в честь иконы Божьей Матери «Живоносный Источник» (Богородице-Тихоновская) освящена 15 августа 1813 г. епископом Антонием (Соколовым). 26 июня 1863 г. архиепископ Иосиф (Богословский) заложил в трапезной части Богородице-Тихоновского храма правый придел во имя святителей Воронежских Митрофана и Тихона (освящён 21 июля 1864 г.) и левый – во имя Иоанна Предтечи и преподобной Поликсении (освящён 1 мая 1865 г.). Чтимый Тихоновский колодец, расположенный за правым клиросом храма, в 1860 гг. «оправили в изящный деревянный сруб, выкрашенный голубой краской, и выложили жестью. К нему сделали о шести ступенях сход до самой воды», новые подземные желоба. «Вода проведена была под полом храма и южной стеной в открытый наружный водоём с небольшим фонтаном, выложенный тёсаным камнем, а оттуда – в закрытые купальни, из которых – в пруд». В 1873 г. в алтарях Богородице-Тихоновской церкви была возобновлена настенная живопись, и устроены новые «изящной работы» позолоченные резные иконостасы. Приделы были освящены заново: малые (в честь Зачатия Иоанна Предтечи, во имя святителей Митрофана и Тихона Воронежских) – в конце сентября 1873 г., главный, в честь иконы Божьей Матери «Живоносный Источник», – 4 августа 1874 г. С южной стороны храма была пристроена отапливаемая каменная галерея. Частые перестройки привели к утрате первоначального облика церкви, однако в восточной её части «массивные столбы, подпирающие большой и тяжёлый купол, сами стены необычайной прочности и массивности – всё это оставалось величаво и несколько мрачно.