Хранились такие рукописи, как «Записки о святителе Тихоне, неизвестно кем писанные, по которым составлял описание его жизни митрополит Киевский Евгений Болховитинов» (1810 г.), «Патерик Синайский, списанный с древней рукописи, исправленный Соловецким игуменом Досифеем, 1528 г.», «Мир с Богом человеку, исправленное знаменитым Иннокентием Гизелем, весьма образованным ректором Киевской академии, близким к царю Алексею Михайловичу», а также несколько листов, написанных святетелем Тихоном и митрополитом Евгением (Болховитиновым), письмо бывшей грузинской царицы Марии Кациевны, супруги царя Соломона Арчиловича, 1815 г. (к 2008 г. все издания считались утерянными). Под алтарём Владимирского собора (1736–1741 гг.) был погребён первый его строитель схиигумен Евсевий, в 1783 г. устроен склеп с погребением святителя Тихона Задонского и выложена «кирпичная тумба», которая в 1790 г. была отделана и расписана масляными красками, тогда же вместо деревянного перекрытия устроен каменный свод, опиравшийся на колонну, пол покрыт чугунными плитами. На тумбе находилась медная доска с надписью, составленной епископом Тихоном (Малининым): «Здесь скончался 1783 года августа 13 дня Преосвященный Тихон епископ, прежде бывший Кексгольмский, а потом Воронежский. Рожденный 1724 года. Епископствовавший с 13 мая 1761 года. Пребывавший на обещании с 1767 года по смерть. Показавший образ добродетели словом, житием, любовию, духом, верою, чистотою. 1783 года августа 20. Погребен здесь». Архиепископ Антоний (Соколов) был похоронен в апреле 1827 г. в приделе в честь Рождества Иоанна Предтечи, напротив алтаря, между стеной и столпом, поддерживавшим свод ветхого уже в то время Владимирского собора. В новом Владимирском соборе хоронили архимандритов обители. Под трапезным Вознесенским храмом в специально устроенной «Митрофановой» усыпальнице погребены игумен Евфимий II (в схиме Евсевий), схимонах Митрофан (Голощапов; ум. 27 февраля 1793 г.), келейник святителя Тихона иеросхимонах Агапит (Болховитинов; ум. 17 сентября 1825 г.), иеросхимонах Нафанаил (Остапов; ум. 30 июня 1849 г.), инок Стратоник, духовник братии иеросхимонах Авраамий (ум. 19 июля 1852 г.), блаженный Антоний Алексеевич Монкин, старица Евфимия Григорьевна Попова (ум. 15 января 1860 г.). До 1864 г. в усыпальнице покоились останки старицы Матроны Наумовны Поповой (ум. 17 августа 1851 г.), затем перенесённые в усыпальницу при Скорбященской церкви основанного ею странноприимного дома (впоследствии задонский Тихоновский во имя Святой Троицы женский монастырь). К 1838 г. в Задонском монастыре на месте кельи схимонаха Митрофана (Голощапова) стоял храм-часовня, где в 1836 г. был погребён «находящийся в сем монастыре в безмолвии 17 лет инок Стратоник, по мирскому названию Георгий Алексеевич». Некрополь, занимавший треть двора Задонского монастыря, к 2008 г. полностью не сохранился и требует отдельного исследования. Установлены могилы монахов Феофана (ум.  в 1799 г.) и Аарона, Н.А. Бехтеева (ум. в 1816 г.). У стен Владимирского собора похоронены генерал-адъютант и помещик села Скорнякова Задонского уезда Воронежской губернии Николай Николаевич Муравьёв-Карский, князья Волконские, Гагарины и Кугушевы, графы Толстые, дворяне Бибиковы, Емельяновы, Бехтеевы, Лермонтовы, Милоновы, Лёвшины, Рахманины, Хрущёвы, Вердеревские, Алтуфьевы, Шуриновы, Кожины, Богушевские, Чебышёвы, купцы Шапошниковы, Климентовы, Исаевы.