Его сочинения были написаны по-гречески, но большая их часть сохранилась в сирийском переводе. «Церковная история», посвящённая вельможе Евпраксию, охватывает период от Халкидонского собора (451 г.) до смерти императора Зинона (491 г.). «История», написанная Захарием Ритором в 492–495 гг., содержит много сведений о событиях, свидетелем которых он был или о которых узнал из первых рук. Некоторые отрывки греческого оригинала «Истории» Захарии Ритора присутствуют в виде цитат в «Церковной истории» Евагрия Схоластика. Основной текст произведения сохранился в переработанном и сокращённом сирийском переводе 569 г. неизвестного по имени монаха-монофизита из Амиды (ныне Диярбакыр, Турция), поместившего «Историю» Захарии Ритора в свой компилятивный церковно-исторический труд из 12 книг. Захария Ритор известен как автор повествований о жизни знакомых ему деятелей восточного монофизитства. Около 495 – 500 гг. он составил Житие Петра Ивера (сохранилось в нескольких фрагментах по-сирийски и в двух грузинских переработках). По-сирийски сохранилось Житие египетского монаха Исаии Младшего и жизнеописание (апология) патриарха Севира Антиохийского. Последнее составлено, как полагают исследователи, в 512–518 гг. Оно завершается рассказом о событиях 512 г., когда Севир был возведён на Антиохийскую кафедру. Жизнеописание епископа Феодора Антинойского известно лишь по названию. Среди сочинений Захарии Ритора есть несколько полемических трактатов. Один из них – «Аммоний, или Рассуждение о творении мира» (после 512 г.) – был направлен против учения философа-неоплатоника Аммония Гермийского. В 529 г., после издания эдикта императора Юстиниана против еретиков, Захария Ритор составил антиманихейский трактат «Синтагма против манихеев» (сохранился небольшой фрагмент). Ещё один его антиманихейский трактат «Семь глав» был найден в одной из афонских рукописей (не издан). Трактат содержит формулу отречения для манихеев, переходящих в православие. По названию известно также надгробное Слово, произнесённое Захарием Ритором в начале 486 г. в Александрии по случаю кончины его соученика Мины.