При императоре Рудольфе II из университета были вытеснены все протестанты и введён запрет принимать профессоров-некатоликов, обострился конфликт между иезуитами и студентами. В 1623 г. удалось несколько сгладить противоречия между иезуитами и студентами: кардинал М. Клесль издал документ под названием «Sanctio Pragmatica», согласно которому в подчинение иезуитам передавали только два факультета – теологический и философский, на остальных иезуиты не имели никакой власти. Однако на практике избежать их вмешательства в университетские дела и жизнь студентов оказалось трудно. Благодаря иезуитам в Венском университете появились новый учебный корпус и церковь, где они проповедовали. Посещение церкви являлось обязательным для всех студентов и преподавателей. Упадок Венского университета исследователи связывают с засильем контрреформации и турецкими завоеваниями. Реформы Марии Терезии и Иосифа II затронули и Венский унисервитет. Нидерландский врач Герард ван Свитен, начав в 1749 г. реформу с медицинского образования, превратил университет в учебное заведение «нового» типа. Впервые естественно-историческим наукам уделялось больше внимания. В программу обучения медицинского факультета были включены химия, ботаника и хирургия; немало часов отводилось под анатомию с практическими занятиями. В 1752 г. реформа коснулась теологического и философского факультетов. На философском факультете стали изучать физику, естественную историю и этику. В задачу теологического факультета вошло обучение «научному мышлению». В 1753 г. на юридическом факультете появился новый курс – естественное право. Проведение университетской реформы удалось во многом благодаря упразднению ордена иезуитов в 1773 г. Венский университет, долгое время находившийся под их руководством, перешёл в ведение государства. С 1778 г. академические степени стали присваивать протестантам, а с 1782 г. – евреям. По уровню развития науки, особенно медицины, Австрия выдвинулась на одно из ведущих мест в мире. В XIX – начале XX в. студенты и преподаватели Венского университета стали выразителями либеральных идей и активно участвовали в политической жизни страны.