Особенно тяжёлой была ситуация в Вавилонии, на которую помимо арамеев, двигавшихся с запада и северо-запада, с юга наступали родственные им халдейские племена. Только в IX в. до н.э., после нескольких столетий хаоса и упадка Вавилония и Ассирия начали постепенно восстанавливать свою государственность, при этом судьбы этих родственных народов оказались особенно тесно связаны. В середине VIII в. до н.э. укрепившиеся на юге Вавилонии халдейские племена попытались захватить вавилонский трон. Опасаясь такого развития событий, ассирийский царь Тиглатпаласар III (744–727 гг. до н.э.) ввёл свои войска в Вавилонию и короновался в Вавилоне, провозгласив себя его царём. Таким образом, Ассирия и Вавилония образовали единое государство под властью ассирийского царя, просуществовавшее до 627 г. до н.э. Население Вавилонии в тот период состояло из ряда этнических групп, которые, преследуя каждая свои политические цели и интересы, нередко входили в конфликт друг с другом. Наиболее значительными были четыре группы: собственно вавилоняне, арамеи, эламитяне и халдеи. Одни из них приветствовали объединение Ассирии и Вавилонии, другие были против этого. Небольшой по численности, но очень влиятельной была также группа ассирийцев, состоявшая из военных и чиновников, пришедших сюда с ассирийскими царями. Вавилония в тот период была постоянным источником междоусобных конфликтов и внутренней нестабильности, что вынуждало Ассирию периодически посылать туда войска для наведения порядка. Самым активным и влиятельным борцом за независимость был вождь халдейского племени Бит-Якин Мардук-апла-иддин, упоминаемый в Библии под именем Меродах Валадан (Ис. 39:1). В 721 г. до н.э., воспользовавшись тем, что новый ассирийский царь Саргон II был занят улаживанием внутренних проблем государства, Мардук-апла-иддин короновался в Вавилоне и правил здесь около десяти лет. В 710 г. до н.э. армия Саргона II нанесла сокрушительное поражение халдеям, и Мардук-апла-иддин бежал на юг Вавилонии, где нашёл убежище на территории своего племени. После смерти Саргона в 704 г. до н.э. Мардук-апла-иддин снова захватил власть в Вавилонии и попытался заключить союз против Ассирии с царём Иудеи Езекией (4 Цар. 20:12–21). Однако не прошло и года, как сын и преемник Саргона Синаххериб изгнал Мардук-апла-иддина из Вавилона. В Вавилонии росли антиассирийские настроения, Синаххериб предпринял ряд мер, направленных на поддержание порядка, но они не принесли никакого результата. В конце концов, он провозгласил царём Вавилонии своего сына, но в политическую игру включился Элам: в то время как армия Синаххериба сражалась на юге Вавилонии, эламитяне обошли ассирийскую армию с севера и, заняв Вавилон, захватили в плен и казнили сына и наследника Синаххериба. Разгневанный царь Ассирии жестоко отомстил и вавилонянам, и эламитянам. Сначала ассирийская армия опустошила Элам, а затем двинулась на Вавилонию. В 689 г. до н.э. город Вавилон был захвачен ассирийцами, разграблен и полностью разрушен. Немногие уцелевшие жители разбежались. Статую бога Мардука отправили в Ассирию. Преемник Синаххериба Асархаддон (680–669 гг. до н.э.) одной из важнейших задач своего царствования считал примирение с Вавилонией. Эта политика обеспечила ему мир на южных границах Ассирии. Часть огромных материальных ресурсов, которые приносили Ассирии её завоевания, были направлены на восстановление Вавилона и строительство храмового комплекса Эсагилу, хотя статуя бога Мардука была возвращена в Вавилон уже после смерти Асархаддона.