В северной части городища открыто несколько домов эпохи Ахеменидов, в южной – большое здание с колоннами, к которому примыкает стоя. Холм мусора, оставленного после расчистки руин зиккурата воинами Александра Македонского, сохранялся до начала реставрации конца XX в. Некоторое влияние греческой культуры подтверждают театр и гимнасий в восточной части города (в настоящее время отреставрированные), а также большое количество погребений со статуэтками из глины и алебастра эллинистического времени. Официально Вавилон перестал быть столицей с постройкой Селевком I Никатором Селевкии на реке Тигр и переселением туда жителей Вавилона, но город оставался важным религиозным и культурным центром. Клинописные таблички указывают, что обряды в Эсагиле совершались ещё в 93 г. до н.э. При Селевкидах перестраивались театр и гимнасий. Последний памятник древнего Вавилона, клинописный астрономический текст, датируется 75 г. н.э. Поселение продолжало существовать и в I тыс. н.э., о чём говорят постройки эпохи Сасанидов, обнаруженные к северо-западу от южного дворца. Исследователи полагают, что до основания соседней Хиллы в XI в. оно сохранялось на большом холме Амран. Ранние слои Вавилона изучены очень плохо. Они восходят к третьей династии Ура (2111–2003 гг. до н.э.; впервые упомянут в связи с сооружением храма в аккадскую эпоху, конец III тыс. до н.э.). Однако в центральной части Вавилона изучены несколько домов эпохи касситских царей (XVI–XII вв.) и ямы для обжига керамики с глазурованной поверхностью. В Священном Писании названия город Вавилон и носящей его имя державы получают глубокое символическое значение и воспринимаются как олицетворение зла во вселенском масштабе, но иногда – как орудие Промысла Божия. Первые упоминания есть в рассказах книги Бытие о начальной истории человечества, где они связаны с человеческой гордыней, доходящей до богоборчества. Согласно Быт. 10:8–10, Вавилон входил в царство внука Хама Нимрода, который «начал быть силён на земле». Быт. 11:1–9 повествует о намерении людей построить башню до небес с целью «сделать себе имя» и о разрушении Господом этого предприятия путём смешения языков (см. Вавилонская башня). Место строительства башни получает название Вавилон (библейская этимология возводит это название к глаголу «смешивать»). В повествованиях библейских книг (прежде всего, пророческих) о войнах Вавилона с Иудейским царством VII–VI вв. до н.э. и переселении евреев в этот город он предстаёт как носитель зла. Подчёркиваются его гордость и дерзкая самоуверенность (Ис. 47:7, 10; Авв. 1:11), стремление уравнять себя с небожителями и уподобиться Всевышнему (Ис. 14:12–13; ср.: Иер. 51:53), восстание «против Господа, против Святаго Израилева» (Иер. 50:29), жестокость (4 Цар. 25:6–7; 2 Пар. 35:17; Иер. 52:10–11; Пс. 136:7), идолопоклонство (Иер. 51:44, 47, 52; ср.: Ис. 46:1) и чародейство (Ис. 47:12). Однако усиление Вавилона входит в Божественный промысел. Именно Господь даёт его царю меч (Иез. 30:24–25) и предаёт в его руки Иудею и окружающие её царства (Иер. 23:1–10; 27:1–7).