После ухода на покой по болезни игуменьи Веры в начале 1918 г. сёстры, избравшие своей начальницей монахиню Нину (Баташёву), решили вернуться в Вильну. Патриарх Московский и всея России Тихон помог им получить пропуски для проезда в Литву, в мае 1918 г. около 20 виленских сестёр прибыли в Вильну и начали восстанавливать обитель на ул. Росса. Указом Литовской консистории 6 мая 1918 г. монахиня Нина (Баташёва) была назначена управляющей монастырём, 8 сентября 1921 г. Литовским архиепископом Елевферием (Богоявленским) возведена в сан игуменьи. В 1919 г., когда Виленский край был оккупирован польскими войсками, решением властей инокини были выселены из Вильнюсского монастыря и размещены в больничном корпусе Виленской духовной семинарии, который располагался на территории расформированного во время Первой мировой войны виленского во имя Святой Троицы мужского монастыря. Монахиням был передан Троицкий храм, богослужения в котором совершались насельниками Свято-Духова монастыря. В 1924 г. Вильнюсский монастырь вошёл в состав неканонически провозглашённой Польской автокефальной православной церкви. Игуменью Нину неоднократно командировали на Волынь в Святогорский Зимненский и Корецкий монастыри для проведения ревизий и для временного управления этими монастырями. По благословению Варшавского митрополита Дионисия (Валединского) насельница Вильнюсского монастыря монахиня Евгения (Баташёва) была назначена настоятельницей Зимненского монастыря, а монахиня Феофания (Павлюк-Задворная) – Корецкого монастыря. В 1933 г. Варшавский митрополит Дионисий наградил игуменью Нину наперсным крестом с украшениями. В 1937 г. в связи с закрытием Троицкого храма и семинарии Вильнюсский монастырь переехал на ул. Лянку, к приходской церкви во имя князя Александра Невского (построена в 1898 г.). Инокини устроили кельи в крыльях отремонтированного храма, выкопали колодец, посадили фруктовый сад, разбили цветники. Летом 1939 г. по ходатайству игуменьи Нины в Вильнюсский монастырь из Почаевской лавры были привезены икона св. Марии Магдалины с частицей мощей и образ Иова Почаевского с частицей мощей. В 1944 г. в результате бомбёжки Александро-Невский храм лишился купола, окон, полов и дверей, сгорел иконостас. В одном из уцелевших крыльев храма сёстры (около 35 человек) устроили временную церковь, которую 15 октября 1945 г. освятил Виленский архиепископ Корнилий (Попов). 8 ноября 1951 г. Виленский архиепископ Фотий (Топиро) освятил отремонтированную Александро-Невскую церковь.