Значительная часть имущества Русской миссии, в первую очередь, земельный фонд, в начальные месяцы существования КНР перешла государству, миссия была обложена высокими налогами. Из-за трудностей с получением разрешений на поездки иностранных граждан по Китаю почти отсутствовала связь между епархиями и приходами Восточноазиатского Экзархата. К концу 1951 г. не были определены границы епархий, не было утверждено Положение об Экзархате, Тяньцзиньская и Синьцзянская кафедры оставались без епископов. Власти КНР не разрешили издание журнала «Китайский благовестник», о чём ходатайствовал экзарх в 1951 и 1952 гг. Прекратили существование журнал миссии, типография и переплётная мастерская. Городские власти Пекина обязали насельников миссии принимать участие в общественно полезных работах на территории города. Шанхайская епархия стояла перед острыми проблемами материального обеспечения: в 1952 г. денежный доход епархии сократился на 60%, в основном, из-за отъезда русских из Шанхая. Тем не менее, в том году продолжилось издание «Церковного листка», была начата постройка Свято-Архангельского храма. В начале 1953 г. положение настолько ухудшилось, что епархия встала перед проблемой содержания храмов – владыка Симеон предложил закрыть все храмы, кроме кафедрального собора, в Шанхае в это время жили около 200 русских, китайская паства не насчитывала и 70 человек. Единственным источником существования епархии служило очень небольшое пособие из патриархии. В апреле 1953 г. председатель ОВЦС митрополит Николай (Ярушевич) писал епископу Симеону, что, поскольку китайская православная паства малочисленна, богословское образование китайцев (кандидатов в члены клира) не всегда находится на должном уровне, мероприятия по организации автокефальной Китайской церкви являются преждевременными. К 1954 г. Экзархат находился в тяжёлом положении. Архиепископ Виктор писал патриарху, что со времени начала организации Китайской православной церкви экзарх только однажды смог собрать Епископский совет, Положение об Экзархате и миссии не было утверждено, Харбинский епископ рассматривал экзарха как лицо титулярное, считал себя архиереем для русской паствы и не принимал мер к привлечению китайцев к церковной жизни в своей епархии, Шанхайский епископ Симеон (Ду), ревнуя о величии своего народа, стремился к возглавлению Экзархата и занял сепаратистскую по отношению к экзарху позицию. Архиепископ Виктор обратился к патриарху с просьбой о реорганизации церковного управления в Китае. 30 июля 1954 г. Священный Синод под председательством патриарха постановил упразднить Русскую духовную миссию в Китае, оставив все православные храмы в Китае в ведении Восточноазиатского Экзархата. В том же году было принято решение об упразднении Восточноазиатского Экзархата. 30 марта 1956 г. вся недвижимая собственность Экзархата, кроме территории Бэйгуаня (северное подворье миссии в Пекине), ставшего собственностью посольства СССР, была передана китайскому правительству. 24 апреля 1956 г. архиепископ Виктор передал все церковные дела и имущество Пекинской епархии временно исполнявшему обязанности Главы Китайской православной церкви архимандриту Василию (Шуану), 30 мая 1957 г. хиротонисанному в Москве во епископа Пекинского.