В августе 1946 г., после визитов митрополита Нестора к Генконсулу СССР, другим официальным лицам в Харбине, вопрос финансирования был решён – 4 сентября митрополит Нестор на учредительном заседании Харбинского отделения общества Красного Креста был избран его президентом. К 1948 г. митрополит Нестор добился согласия на возобновление деятельности православной миссии в Харбине, которую возглавил потомок албазинцев протоиерей Даниил Хэ (действовавшее в Харбине Благовещенское подворье духовной миссии в период существования созданного Японией на территории Северо-Восточного Китая и Маньчжурии государства Маньжоу-Го подвергалось притеснениям и прекратило работу). Митрополит Нестор планировал реформировать Харбинскую духовную семинарию, программа которой должна была пополниться рядом общеобразовательных курсов. Однако в 1946 г. семинария под давлением китайских властей была закрыта. В том же году указом патриарха 17 января в Харбине открылся лицей во имя князя Александра Невского, просуществовавший до 1951 г. В результате объединения типографий харбинского Дома милосердия и Казанско-Богородицкого мужского монастыря был создан издательский отдел Восточноазиатского Экзархата. Среди наиболее крупных изданий отдела – трёхтомный литургический «Песнослов». Епархиальный журнал «Хлеб Небесный», издававшийся с 1928 г., был переименован в «Вестник Восточноазиатского Экзархата». Летом 1948 г. митрополит Нестор был арестован китайской полицией, передан советским властям, на суде в Хабаровске признан виновным в антисоветской деятельности. Управление Харбинской епархией и руководство Восточноазиатским Экзархатом временно осуществлял Цицикарский епископ Никандр. Посетившая Маньчжурию в 1948 г. делегация Московского патриархата во главе с Курским епископом Нестором (Сидоруком) в отчёте о состоянии Восточноазиатского Экзархата писала о том, что указания патриарха 1945 г. по активизации миссионерской работы среди китайцев не были выполнены. В октябре 1949 г. провозглашением КНР завершилась гражданская война в Китае. 22 августа следующего года экзархом Восточной Азии и начальником Русской духовной миссии в КНР был назначен архиепископ Китайский и Пекинский Виктор (Святин), заместителем начальника миссии – Цицикарский епископ Никандр, 2 октября того же года патриаршим указом переведённый на Харбинскую и Маньчжурскую кафедру. В составе Экзархата были утверждены епархии: Пекинская, Харбинская, Шанхайская, Тяньцзиньская (до назначения архиерея находилась под управлением экзарха), Синьцзянская (до назначения архиерея оставалась в ведении Московской патриархии). Резиденции и делопроизводство Восточноазиатского Экзархата, Духовной миссии и Совета миссии, прежде располагавшиеся в Шанхае, были объединены в Пекине, Совет миссии был преобразован в Экзарший епископский совет.