В конце XIX – начале XX вв. Вифанский монастырь посещали Василий Васильевич Розанов, Константин Николаевич Леонтьев, Михаил Михайлович Пришвин, Иван Сергеевич Шмелёв, Андрей Николаевич Муравьёв, Сергей Иванович Танеев. В 1888 г. Михаил Васильевич Нестеров работал здесь над картиной «Пустынник». В 1918 г. Вифанский монастырь был обращён в трудовую артель во главе с игуменом Илиодором, в которой вместе с иноками трудились крестьяне ближайших деревень. Впоследствии монахи были разогнаны и, как полагают исследователи, жили в Сергиеве. Хранившийся в Вифанском монастыре гроб преподобного Сергия вместе с медным футляром был передан Загорскому музею (современный Сергиево-Посадский музей-заповедник), в 1950 г. возвращён церкви, в настоящее время находится в Успенском соборе лавры. Богослужения в храмах Вифанского монастыря совершались до 1929 г. Сергей Михайлович Голицын в воспоминаниях рассказывает, что в 1920 гг. в одной из келий монастыря жил старец Валериан, принимавший посетителей. По некоторым сведениям, преподобного Никона (Беляева) перед кончиной причащал сосланный в Северный край вифанский игумен Паисий. Во второй половине 1920 гг. в храмах Вифанского монастыря были устроены мастерские, в корпусах – детский и инвалидный дома. Живший в Сергиеве М.М. Пришвин записал в дневнике 11 июня 1926 г.: «Имя Каляева между отцами Церкви на воротах Вифанского скита, населённого инвалидами труда. Тут ад: старухи за версту обходят здание... Это ад на месте райском». С начала 1930 гг. на территории монастыря находился птицекомбинат, с 1937 г. – Птицеинститут (впоследствии Всесоюзный научно-исследовательский и технологический институт птицеводства), посёлок вокруг монастыря стал именоваться Птицеградом. В 1930–1980 гг. было разрушено большинство монастырских построек, в том числе уникальный Преображенский собор, на месте которого предполагалось поставить памятник Владимиру Ильичу Ульянову (Ленину). Захоронения лаврской братии были уничтожены, вместо кладбища устроена детская площадка и футбольное поле. Часть надгробных плит использовалась при постройке моста через пруд. В 1997 г. останки митрополита Платона были перезахоронены в склепе Свято-Духовской церкви Троице-Сергиевой лавры. В 1998 г. лавре в Вифанском монастыре были переданы второй этаж полуразрушенного Свято-Духовского храма, здание монастырской гостиницы, некоторые здания семинарии. Вифанский монастырь восстанавливается трудами настоятеля иеромонаха Даниила (Михайлова) и пяти трудников. На втором этаже Свято-Духовского собора освящён придел во имя Николая Чудотворца, в котором в праздничные и воскресные дни совершаются богослужения. В храме хранится чтимый список XIX в. с иконы Божьей Матери «Всех скорбящих Радость (с грошиками)».