В 1786 г. из Успенского собора лавры в Вифанский монастырь торжественно перенесли гроб Сергия Радонежского, в котором до XVI в. хранились мощи святого. Гроб поместили в небольшой «пещерке» справа от алтаря Лазаревской церкви. Для гроба по распоряжению митрополита Платона был изготовлен медный футляр с посеребренной передней крышкой, на которой были чеканные изображения: явление Божьей Матери преподобному Сергию, Распятие с предстоящими ангелами и моление Сергия с учениками. Одновременно с Преображенским собором в Вифанском монастыре были построены ограда с башнями и двухъярусная колокольня (1786 г.) над главным входом, в южной части монастыря – двухэтажный деревянный дом для митрополита Платона, отличавшийся изысканным и дорогим внутренним убранством; часть мебели была подарена архиепископу Платону супругой наследника Павла Петровича великой княгиней Наталией Алексеевной и Григорием Александровичем Потёмкиным. В покоях действовала домовая церковь в честь Сошествия Святого Духа, стены которой были обложены мрамором, вместо иконостаса в храме стояла низкая резная с позолотой решётка и занавес голубого цвета, с вышитым на нём изображением Благовещения. По образцу Свято-Духовской церкви в архиерейских палатах Угрешского во имя Николая Чудотворца монастыря была устроена крестовая церковь Сергия Радонежского (1870 г.). В 1780 гг. в Вифанском монастыре были также построены два братских корпуса, небольшой казначейский корпус, богадельня на 12 человек; в юго-восточном углу устроен конный двор, в северо-восточном – небольшой пруд и кладбище для почивших насельников лавры и Вифанского монастыря. На монастырских воротах помещались изображения евангельских событий и четверостишие: «В Вифанию Христос пришёл и водворился тут: О если б Он и здесь покой нашёл! Не тщетны б были кошт и труд». В 1786 г. был надстроен третий ярус колокольни. На строительство обители митрополит Платон пожертвовал 10883 руб., а также внёс в государственный банк 20 тыс. руб., на проценты от которых содержался монастырь. В 1787–1797 гг. Вифанский монастырь именовался пустынью, из шести насельников лишь иеромонах Феодорит имел священный сан, митрополит Платон вспоминал, что он «сам клиросную должность правил». Митрополит неоднократно обращался к императрице Екатерине II с просьбой об увольнении его на покой с пребыванием в Вифанском монастыре, однако императрица отклоняла прошения. 24 апреля 1797 г. Вифанский монастырь неожиданно посетил недавно коронованный император Павел I с семьёй (Платон (Левшин) в 1763–1773 гг. преподавал великому князю Павлу, а также его невесте великой княгине Наталии Закон Божий). Обитель настолько понравилась государю, что 1 мая 1797 г. он издал указ о возведении пустыни во второклассный монастырь, приписной к Троице-Сергиевой лавре, и об учреждении при нём Вифанской духовной семинарии для сотни учащихся. Вифанский монастырь получил штат монашествующих и ежегодное жалованье в размере 2633 руб. 80 коп., на пищу и одежду насельникам отпускалось ещё 340 руб. в год. Император пожаловал Вифанскому монастырю 533 десятины и 236 кв. сажён близлежащих земель, а также часть земли, принадлежавшей Махрищскому монастырю, с 1801 г. Вифанский монастырь получал также доходы с трёх мельниц, которые обитель сдавала в аренду.