В 1997 г. было создано миссионерское братство во имя Сергия Радонежского. С 2000 г. выпускаются епархиальные миссионерские листки. В 1996 г. епархия заключила соглашение о взаимодействии с Тихоокеанским флотом РФ в вопросе духовно-нравственного воспитания военнослужащих. В 1997 и 2002 гг. Владивостокский архиерей принял участие в нескольких учебных походах на кораблях флота. В августе 2002 г. архиепископ Вениамин благословил флот частицей мощей праведного воина Феодора Ушакова, в июне 2003 г. – частицей мощей апостола Андрея Первозванного. В октябре 2002 г. на территории главного госпиталя Тихоокеанского флота во Владивостоке открылась часовня во имя праведного Феодора Ушакова. Православные учреждения ведут благотворительную деятельность. Под попечением владивостокского Марфо-Мариинского женского монастыря находится Приморская детская краевая туберкулёзная больница, приемник-распределитель в детской городской больнице №2, детские дома во Владивостоке, Кавалерове, Лучегорске, дом престарелых и туберкулёзный диспансер на Седанке. Члены сестричества милосердия, созданного в 1998 г., трудятся при клинической больнице №2 города Владивостока, Дальзаводской больнице, при «больнице рыбаков», осуществляют патронажный уход на дому. В крестовом храме во имя Сергия Радонежского при епархиальном управлении находится икона «Торжество Пресвятой Богородицы» (Порт-Артурская). В Уссурийском в честь Рождества Богородицы женском монастыре хранится почитаемый образ Божьей Матери «Объятия Отча». Монастыри: Южно-Уссурийский в честь Рождества Богородицы женский (близ села Линевичи, основан в 1900 г., закрыт в 1920 гг., возрождён в 1993 г.), Уссурийский Свято-Троицкий Николаевский (мужской, в посёлке Горные Ключи, основан в 1894 г., закрыт в 1923 г., возрождён в 1995 г.), Марфо-Мариинский во имя великой княгини Елисаветы (женский, возле станции Седанка, Владивосток, основан в 1995 г.), Казанской иконы Божьей Матери (женский, в селе Раздольном, открыт в 1998 г), владивостокский Серафима Саровского (мужской, на острове Русском, Владивосток, открыт в 2001 г.). Архиереи: епископ Евсевий (Никольский; назначен 5 января 1899 г., с 6 мая 1906 г. – архиепископ, с 1917 г. пребывал в Москве, с 1920 г. – митрополит Крутицкий), епископ Михаил (Богданов; декабрь 1918 г. – 1922 или до 1920 г., временно управляющий), епископ Марк (Бакалдин; 1920–1922 гг.)?, епископ Павел (Введенский; 1922 г.? временно управляющий), епископ Иоасаф (Рогозин; 1924 г.?), архиепископ Киприан (Комаровский; 26 ноября  1925 г. – 28 сентяюря 1927 г., с 1927 г. – архиепископ); епископ Нифонт (Фомин; сентябрь 1927 г. – 1928 г.); епископ Пантелеимон (Максунов; 1928–1929 гг.); епископ Марк (Боголюбов; 1929 г. – июль 1930 г.); епископ Варсонофий (Лузин; август 1930 г. – май 1931 г.); Никольск-Уссурийский епископ Герман (Коккель; 1931–1932, временно управляющий); архиепископ Николай (Шкрумко; 31 января 1990 г. – 12 августа 1992 г.); архиепископ Вениамин (Пушкарь; с 21 сентября 1992 г., с 25 февраля 2003 г. – архиепископ).