В 1993 г. началось возрождение Уссурийского Рождество-Богородицкого женского монастыря, в 1995 г. – Свято-Троицкого Николаевского мужского монастыря. Особым событием в жизни епархии было возвращение во Владивосток из Святой земли 6 мая 1998 г. иконы «Торжество Пресвятой Богородицы» (Порт-Артурской). В мае 2000 г. епархию посетил Патриарх Московский и всея Руси Алексий II. При Владивостокском епархиальном управлении работают отделы: религиозного образования и катехизации, миссионерский, издательский, по взаимодействию с правоохранительными учреждениями, по взаимодействию с Вооружёнными Силами, по делам молодёжи, юридический, по взаимодействию с учреждениями здравоохранения, по взаимодействию с казачеством, общий, финансовый, хозяйственный. Решением Священного Синода от 27 июля 2011 г. из состава Владивостокской епархии выделены Арсеньевская и Находкинская епархии. Решением Священного Синода от 5–6 октября 2011 г. Владивостокская епархия включена в состав Приморской митрополии. 30 марта 1992 г. в епархии было открыто двухлетнее духовное училище, ректором которого в настоящее время является архиепископ Вениамин, в 1997 г. при духовное училище организованы двухлетние миссионерско-катехизаторские вечерне-заочные курсы. В 1994 г. была создана епархиальная библиотека. В 1999 г. во Владивостоке начала работу православная гимназия во имя равноапостольных Кирилла и Мефодия. На начало 2003 г. в епархии действовали 25 воскресных школ. В марте 2003 г. было образовано братство православных следопытов. В 1999 г. в Институте истории и философии Дальневосточного государственного университета (Владивосток) открылась кафедра теологии и религиоведения, заведующий кафедрой – архиепископ Вениамин. Епархия развивает сотрудничество с Приморским институтом переподготовки и повышения квалификации работников образования, в котором читаются спецкурсы «Правовые основы преподавания Библии в школе», «Основы православной культуры и нравственности», «Православие и проблемы воспитания», «Психология религии». Начиная с 2003 г. в школах Приморья преподаются «Основы православной культуры». В 1992 и 1997 гг. в епархии прошли Иннокентиевские чтения, посвящённые изучению истории православия на Дальнем Востоке и деятельности Иннокентия (Вениаминова). С 2000 г. епархия совместно с администрацией Приморского края, Дальневосточным университетом и Приморским институтом переподготовки и повышения квалификации работников образования проводит ежегодные Приморские образовательные чтения, посвящённые памяти равноапостольных Кирилла и Мефодия. С 1993 г. епархия издаёт ежемесячную газету «Приморский благовест», приходские издания выпускаются в Уссурийске и Находке. Вопросы миссионерской работы в епархии рассматриваются на епархиальных миссионерских съездах (проходили в 1997, 2002 и 2003 гг.), в работе которых принимают участие как представители духовенства, так и миряне.