В 1098 г. император Алексей I Комнин (1081–1118 гг.) во время визита к нему делегации 60 афонских игуменов пожаловал игумену Феодору солидную денежную сумму ежегодно на расходы обители. В 1115 г. монастырь получил в дар от Никифора Кефаласа, племянника игумена Феодора Кефаласа, земельные владения в Моглене, Траянополе и Делкосе. В начале правления Алексея I на Афоне произошёл серьёзный конфликт, связанный с поселением на Святой Горе несколько сот семей влахов. Соседство мирян, особенно влашских женщин, которые в мужской одежде пасли стада, привнесло нестроения в жизнь иноков и вызвало их негодование. Иоанникий Валмас, впоследствии игумен Великой лавры и прот Святой Горы, сообщил о конфликтной ситуации Константинопольскому  патриарху Николаю III Грамматику (1084–1111 гг.). Тот издал распоряжение об удалении влахов со Святой Горы; все, кто поддерживали с ними отношения, наравне с нарушителями запрета на общение с евнухами и безбородыми должны были подвергнуться отлучению и высылке. Около 1104 г. влахи были окончательно изгнаны с Афона. В то же время среди монахов получили распространение подложные прещения и анафемы, якобы наложенные патриархом на афонские монастыри, которые, как полагают исследователи, были написаны Иоанникием Валмасом, впоследствии покаявшимся в этом перед патриархом. Многие иноки покинули Афон, часть из них отправилась в Константинополь с жалобами на вмешательство патриарха в жизнь Святой Горы. Император приказал произвести расследование и потребовал у Николая III Грамматика разъяснений. Патриарх безоговорочно признал прямое подчинение Афона императору и заявил, что вмешался в афонские дела лишь потому, что ситуация с влахами требовала разрешения. Кроме того, он указал, что тот документ, который ему приписывают афонские иноки, является поддельным. Алексей I Комнин приказал всем монахам немедленно вернуться в свои обители, пригрозив подвергнуть ослушавшихся строгому наказанию. Однако раздоры по этому поводу окончательно прекратились только при Константинопольском патриархе Харитоне Евгениоте в 1178/1179 г. В 1181 г. свои владения завещал Великой лавре византийский аристократ Андроник Ватац. Прославленный церковный певец Иоанн Кукузель (в XII, а по другим сведениям, в XIII–XIV вв.) оставил императорский двор и принял постриг в Великой лавре, в XIV в. в монастыре жил доместик Григорий Гликис. По преданию, каждому из них Божья Матерь подарила по золотой монете в знак признания их певческих дарований. В 1259 г. император Михаил VIII Палеолог (1259–1282 гг.) пожаловал монастырю село Токсомпус в области реки Струмы (Стримона), освободив его от государственных податей, а также подтвердил право на владение Великой лаврой рядом имений, среди которых были подворье на острове Лемнос, местность Озолимнос, деревня Камена и др. В 1298 г. император Андроник II Палеолог (1282–1328 гг.) подтвердил своим хрисовулом земельные владения Лавры, в том числе и на подворье уже не существовавшего монастыря Амальфитанцев и деревни Дримоситра с двумя мельницами и виноградником в Каламарии, в 1302 г. он же обещал передать во владение игумену Афанасию Метаксопулосу монастырь Линоврохейон в Каламарии близ Фессалоники.