В 1899–1900 гг. в Варшавской епархии действовала 81 церковноприходская школа (три второклассных, три двуклассных, 75 одноклассных) и церковно-учительская школа. В Варшавской епархии (до выделения из неё Холмской епархии) существовали монастыри Яблочинский Онуфриевский (мужской, основан в Седлецкой губернии около 1497–1498 гг.), Леснинский Богородицкий (женский, основан в Седлецкой губернии в 1884 г. как община, в 1889 г. преобразован в монастырь), Вировский во имя Всемилостивого Спаса (женский, основан в Седлецкой губернии в 1894 г. как отделение Леснинского монастыря, в декабре 1898 г. преобразован в самостоятельный монастырь), Воронцово-Благовещенский (женский, основан в Люблинской губернии в 1903 г.), Радочницкий преподобного Антония Печерского (женский, основан в Люблинской губернии в XVII в. как католический бернардинский монастырь, с 1869 г. – униатский приходской храм, в 1875 г. присоединился к РПЦ, с 1885 г. – мужской монастырь, с 1899 г. – приписная к Леснинскому монастырю женская община, в 1901 г. преобразован в самостоятельный монастырь), Теолинский в честь Преображения Господня (женский, основан в Сувалкской губернии в 1894 г.). В 1903 г. при церкви в селе Турковицы Грубешовского уезда Люблинской губернии была образована женская община во имя Покрова Пресвятой Богородицы, приписанная к Радочницкому монастырю. После образования в 1905 г. Холмской епархии в Варшавской епархии остался Теолинский монастырь. Архиереи: архиепископ Антоний (Рафальский; 5 октября 1840 г. – 17 января 1843 г.); архиепископ Никанор (Клементьевский; 17 января 1843 г. – 4 ноября 1848 г.); архиепископ Арсений (Москвин; 6 ноября 1848 г. – 1 июля 1860 г.); архиепископ Иоанникий (Горский; 17 июля 1860 г. – 16 ноября 1875 г., с 1 мая 1875 г. – Холмский и Варшавский); архиепископ Леонтий (Лебединский; 16 ноября 1875 г. – 17 ноября 1891 г.); епископ Флавиан (Городецкий; 14 декабря 1891 г. – 21 февраля 1898 г., с 15 мая 1892 г. – архиепископ); архиепископ Иероним (Экземплярский; 27 февраля 1898 г. – 2 ноября 1905 г., с 16 июня 1905 г. – Варшавский и Привислинский); архиепископ Никанор (Каменский; 9 декабря 1905 г. – 5 апреля 1908 г.); архиепископ Николай (Зиоров; 5 апреля 1908 г. – 20 декабря 1915 г.); в 1916 г. временно управляющим епархией назначен Дмитровский епископ Иоасаф (Каллистов), в управление не вступил; в 1918–1921 гг. епархией временно управлял Белостокский епископ Владимир (Тихоницкий); митрополит Серафим (Чичагов; назначен 17 сентября 1918 г., не смог выехать в епархию); митрополит Георгий (Ярошевский; 30 января 1922 г. – 8 февраля 1923 г.); митрополит Дионисий (Валединский; с 27 февраля 1923 г., 17 сентября 1925 г. возглавил Варшавскую кафедру неканонически провозглашённой ПАПЦ).