16 ноября 1875 г. на Холмско-Варшавскую кафедру был назначен архиепископ Леонтий (Лебединский). Перед ним стояла сложная задача утверждения воссоединенных униатов в православии и реорганизации епархиальной жизни. С целью более глубокого ознакомления новообращённых с православием архиепископ Леонтий при содействии властей организовывал паломнические поездки бывших униатов к православным святыням, главным образом, в Почаевскую и Киево-Печерскую лавры. Одной из важнейших задач являлось также воссоединение «упорствующих» униатов: в конце 1870 – 1880 гг. в православие ежегодно переходило по несколько десятков или даже сотен «упорствующих», одним из самых масштабных было воссоединение 434 униатов в первом Грубешовском округе в 1890 г. В 1875–1890 гг. из иных исповеданий в православие переходили около 300–400 человек ежегодно. При архиепископе Леонтии продолжалось активное строительство православных храмов. В 1877 г. император Александр II утвердил «Правила для устройства церковных зданий в Привислинском крае», руководство строительством осуществляло Министерство внутренних дел, с 1890 г. – епархиальные структуры. При архиепископе Леонтии были возведены церкви в городах Люблин, Грубешов, Калиш, Ломжа, Янов, Млава, Лодзь, Луков, Августов, Плонск, Коло, Томашов, Бела и др. Архиепископ Леонтий поддержал инициативу командующего Варшавским военным округом Иосифом Владимировичем Гурко (в 1883–1894 гг. – генерал-губернатор Привислинского края) по созданию новых войсковых церквей, на средства Военного ведомства было устроено несколько гарнизонных храмов в Щучине и Гонсиорове Ломжинской губернии, а также близ города Остроленка. В 1879 г. было произведено новое распределение храмов Варшавской епархии по благочинническим округам: кафедральные соборы и ещё несколько храмов были оставлены вне благочиний, храмы Варшавы объединены в первый Варшавский округ, остальные храмы епархии разделены на 18 благочиннических округов. В епархии стали осуществляться выборы благочинных, 14 января 1880 г. архиепископ Леонтий утвердил составленную Холмским духовным правлением инструкцию для благочинных. В 1877 г. началось издание «Холмско-Варшавского епархиального вестника» (первоначально выходил два раза, с 1899 г. – четыре раза в месяц). В 1884 г. холмское Свято-Богородицкое братство организовало выпуск «Холмского народного календаря». 14 декабря 1891 г. на Холмско-Варшавскую кафедру был назначен Флавиан (Городецкий), бывший епископ Люблинский, викарий Варшавской епархии (с 15 мая 1892 г. – архиепископ). При архиепископе Флавиане храмоздательство в Варшавской епархии не было столь интенсивным, как в предшествующее время, тем не менее, появились новые церкви в Любартове, Венгрове, Мехове, Томашове, Рыпине, Новорадомске, Раве, Ленчице, Соколове, Серпеце, Лукове, Влодаве и др., был открыт ряд сельских приходов, активно устраивались так называемые церкви-школы, т.е. домовые храмы в зданиях церковноприходских школ. При архиепископе Флавиане в Варшаве началось возведение собора Александра Невского (заложен 30 августа 1894 г., освящён 20 мая 1912 г.).