30 августа Полтавское ОГПУ составило обвинительное заключение, таким образом характеризовав епископа: «Желая создать себе авторитет и, кроме того, усилить тихоновщину как таковую, гражданин Зеленцов созывает нелегальный диспут с булдовцами, во время которого старается доказать, что единственная правая церковь это тихоновская. Почувствовав под собой твёрдую почву в лице своего авторитета среди верующих, Зеленцов переходит к будированию всей массы, подстрекая последнюю активно выступить и потребовать тихоновскому течению привилегий». Полтавское ОГПУ рекомендовало выслать Василия из Украины на три года. 24 сентября 1926 г. особое совещание при Коллегии ОГПУ приговорило Василия к трём годам исправительно-трудовых лагерей по обвинению в «дискредитации советской власти», епископ отбывал срок в Соловецком лагере особого назначения (СЛОН). Летом следующего года Василий отправил два письма митрополиту Сергию (Страгородскому), в которых выразил несогласие с отдельными положениями «Декларации» 1927 г. Во втором послании, озаглавленном «Необходимые канонические поправки к Посланию Заместителя Патриаршего Местоблюстителя митрополита Сергия и Временного при нём Патриаршего Священного Синода от 16 (29) июля 1927 г.», Василий развивал свою главную идею о независимости церкви от государства и утверждал, что советская власть не может быть «от Бога, тогда как она уничтожает всё, что есть Божьего на земле» («Декларация» не содержит слов о том, что советская власть «от Бога»; как полагают исследователи, Василий ответил на то место в «Декларации», где говорится: «В совершающемся у нас, как везде и всегда, действует ... Десница Божия»). 22 октября 1928 г. Василий в порядке разгрузки мест заключения был досрочно освобождён из лагеря и выслан на три года в Сибирь, поселился в деревне Пьяново Братского района Иркутского округа. В материалах следственного дела 1930 г. содержатся сведения о том, что в ссылке Василий «начал ряд богословских работ на тему: перевод литургии на русский язык с богословскими примечаниями... пояснения к книге Апокалипсис... каноническое положение неправославных христиан и др.». Продолжая полемику с митрополитом Сергием, Василий передал своим единомышленникам объёмное сочинение «В чём состоит верность Христу в церковной жизни?», в котором, по свидетельству того же следственного дела, «писал о неканоничности действий митрополита Сергия и его Синода» (рукопись была размножена верующими и получила широкое распространение). 1 декабря 1929 г. вышло распоряжение ОГПУ об аресте Василия, 9 декабря сотрудники ОГПУ добрались до деревни, где жил епископ, произвели обыск и арестовали Василия. В январе 1930 г. его отправили в Москву в Бутырскую тюрьму. В начале февраля было составлено обвинительное заключение, в котором Василию ставилась в вину вся его предшествующая деятельность, его требование бескомпромиссности в отношениях церкви к враждебному ей государству. Василий был расстрелян по постановлению Коллегии ОГПУ от 3 февраля 1930 г., погребён в безвестной могиле на Ваганьковском кладбище в Москве. Причтён к лику местночтимых святых на заседании Синода УПЦ в 1997 г. Прославлен для общецерковного почитания Архиерейским юбилейным Собором РПЦ 2000 г.