В ноябре 1813 г., узнав о направленном митрополитом Петром в Санкт-Петербург прошении принять Черногорию и Боку-Которска под защиту России, Венедикт немедленно проинформировал об этом австрийские власти, благодаря чему были приняты меры по скорейшему переходу Боки-Которска под власть Вены. В марте 1814 г. передал австрийским властям сведения о положении в Боснии, за что ему было определено жалованье 15 тыс. франков в год, что означало и признание его главой Далматинской епархии. Опасаясь утратить свои позиции из-за сомнений митрополита Стефана (Стратимировича) в каноничности его поставления, в 1815 г. с двумя письмами обратился к австрийским властям с предложением включить свою епархию в юрисдикцию Римско-католической церкви: «В недалёком будущем в догматических вопросах моя церковь соединится с римской церковью, и будем в вере едины, и только в обрядах различны». Осенью 1818 г. уехал в Вену и 6 апреля 1819 г. передал властям предложение о введении унии в Далмации и просьбу о присылке в семинарию в Шибенике учителей-униатов. Австрийское правительство официально декларировало равенство всех религий, но при этом оказывало значительную помощь католической миссии среди православных подданных. 25 апреля 1819 г. были назначены три священника-униата из Галиции: Алексей Ступницкий – ректором и преподавателем нравственного и пастырского богословия, Яков Честинский – церковной истории и церковного права, Яков Чировский – библеистики и догматического богословия. Известие о назначении учителей-униатов вызвало недовольство в Шибенике, и 13 сентября 1819 г. Венедикт жаловался властям на горожан и просил защиты. Весной 1820 г. представители духовенства передали митрополиту Стефану (Стратимировичу) и губернатору Томашичу жалобы на неканонические действия Венедикта и отказ считать его своим архиереем. Митрополит Стефан советовал далматинцам прервать все связи с Венедиктом и обращался к властям в Вене с требованием его отстранения, но это не дало результатов. В июне 1820 г. учителя-униаты прибыли в Шибеник и жили под охраной полиции. В 1821 г. жалобы православного священства Далмации были повторно отправлены в Вену, а также в Санкт-Петербург. Император Франц I заверил императора Александра I, что нет причин для беспокойства, но это не соответствовало действительности. Противники введения унии организовали 10 июня 1821 г. нападение на карету в Шибенике, в которой должен был находиться Венедикт, но жертвой покушения стал Алексей Ступницкий, после его похорон униаты уехали в Галицию, а Венедикт бежал в Задар. В мае 1823 г. Венедикт уехал на лечение в Италию, некоторое время жил в Падуе, а в 1824 г. переехал в Венецию, откуда пытался управлять епархией через священника Спиридона Алексиевича. 29 декабря 1828 г. Венедикта был уволен на пенсию. В 1829 г. императорским указом православное население Далмации было подчинено митрополиту Карловацкому. В составленном перед кончиной завещании Венедикт заявлял, что никогда не был униатом.