Женские епархиальные училища комиссия предлагала преобразовать по образцу светских женских гимназий и наделить правами средних духовных школ. В отношении церковноприходских школ было постановлено изъять их вместе с имуществом из ведения Министерства просвещения и передать церкви; школы должны были содержаться за счёт государства или приходов (при государственной поддержке) и подчиняться Министерству исповеданий или приходским советам. Митрополит Антоний резко осудил проект реформы, разработанный учебной комиссией. По его предложению Собор принял решение отложить обсуждение проекта реформы до третьей сессии, высказался за сохранение старой структуры духовных школ и против их передачи в ведение Министерства исповеданий, определил, что реформа должна идти не в светском направлении, а в сторону усиления церковно-пастырского характера. Собор обратился с ходатайством к гетманскому правительству о материальной поддержке преподавателей духовных школ и об уравнении их в оплате со служащими Министерства просвещения, об освобождении занятых органами власти и гетманскими войсками помещений церковных школ и о выделении средств на их ремонт. В ходе второй сессии был принят ряд важных решений. На четвёртом заседании постановлено: церковнославянский язык остаётся богослужебным языком православной церкви на Украине, чтение Священного Писания за богослужением осуществляется на нём же, по желанию прихожан украинский язык используется для проповеди. На седьмом заседании постановлено: духовенство православной церкви на Украине освободить от повинностей и налогов в пользу государства, а церковные земли – от казённых сборов; утвердить предложенные епископатом формулы поминовения высшей церковной и светской властей («Всероссийский Священный Собор, Священный Собор всея Украины, Святейший Патриарх Тихон, местный правящий архиерей, Богохранимая Украинская держава, благоверный гетман Павел, вся палата и воинство его»). Режим П.П. Скоропадского в отличие от большевистской власти и Центральной рады воспринимался церковью как продолжение дореволюционной имперской власти и преддверие её возрождения. Его далёкая от давления церковная политика вызывала встречное благожелательное движение. Монархическое по духу восприятие личности гетмана церковной властью не исключало критического отношения священноначалия к гетманскому правительству, в том числе к Министерству исповеданий. На восьмом заседании постановлено: в связи с переходом гетманского правительства на григорианский календарь все записи в метрических и приходо-расходных книгах Украинской церкви вести с указанием дат по обоим календарям, а вопрос о календарной реформе решать на всеправославном уровне; восстановить Белгородскую епархию, существовавшую в Киевской митрополии в XI–XIII вв., и ходатайствовать об этом перед патриархом Тихоном; по сообщениям епископа Пимена (Пегова) о фактах захвата католиками православных храмов в Виннице и Козельце, принадлежавших им в древности, и епископа Пахомия (Кедрова) об аналогичных фактах в отношении старообрядцев Черниговщины, а также архиепископа Евлогия об усилении прозелитизма римо-католиков и униатов на Волыни, просить власти Украины защитить интересы православной церкви.