Тем более трагическим оказался его разрыв с русской интеллектуальной средой в конце 1939 г. С точки зрения современного французского исследователя (Аржаковского), «хотя журнал («Путь») в целом выступил против немецких захватчиков, два автора «Пути» (Б. Вышеславцев и В. Ильин) решили сотрудничать с нацистским правительством, чтобы помочь ему в борьбе с Советским Союзом. …Вышеславцев лишился (в ходе обновления состава редакционного комитета журнала в октябре 1939 года) поста заместителя главного редактора. …Как и Мережковские, Вышеславцев пришёл в восторг 22 июня 1941 г., когда немецкие войска вошли на советскую территорию. Ни один источник не позволяет узнать, чем именно занимался Вышеславцев во время войны. В. Яновский просто пишет, что он разъезжал между Францией и Германией, где он сотрудничал с пропагандистскими органами Рейха. В 1943 г. он уехал из Франции в Швейцарию, будучи членом Международного психологического общества. После войны он остался в Швейцарии, чтобы избежать суда французских трибуналов». Однако до 1943 г. Б.П. Вышеславцев оставался профессором Свято-Сергиевского православного богословского института и пользовался его поддержкой; в конце 1930 – начале 1940 гг. пережил религиозный кризис, связанный как с атмосферой своей изоляции и неприятия своих идей в эмигрантской среде, так и с резким ухудшением здоровья. Одна из лучших его статей с характерным названием «Богооставленность» («Путь». 1939–1940 гг. № 61) относится к этому периоду. В письме протоиерею Сергию Булгакову от 29 марта 1943 г., отправленном из Парижа, Б.П. Вышеславцев писал: «Опыт операции не может понять человек, его не испытавший; Вы же испытали это в полной степени. И опыт этот имеет большое религиозное значение: обращение к Богу de profundis… переживание «не оживёт, аще не умрёт»… частичное умирание… Так я могу это передать. Но главное: я убедился: что в таких состояниях философия (и даже религиозная) не помогает, а спасает только сама религия, т.е. прямое обращение к Богу, молитва («из глубины воззвах к Тебе, Господи»). Меня даже, по правде сказать, изумляет милость Господня: за что она мне дарована? …В Вашем лице благодарю Богословскую Академию нашу за оказанную мне помощь». С 1943 г. (по другим источникам, с конца 1940 гг.) Б.П. Вышеславцев поселяется в Женеве. Последний период жизни философа связан с его идейным сближением с Народно-трудовым союзом (НТС) и издательством «Посев», в это время выходят его книги: «Философская нищета марксизма» (1952 г.; под псевдонимом Б. Петров) и «Кризис индустриальной культуры» (1953 г.). Б.П. Вышеславцев умер от туберкулёза; последнее его сочинение «Вечное в русской философии» увидело свет после смерти философа, в 1955 г. Его учение принадлежит к направлению русской религиозной философии XIX–XX вв., основной задачей которой стало построение целостной религиозно-философской концепции, а центральными темами были разрабатываемые в русле этой традиции учения об Абсолюте, о богочеловечестве, всеединстве (Владимир Сергеевич Соловьёв), сердце (Памфил Данилович Юркевич), личности (Н.А. Бердяев) и др.