Ряд обителей располагался в городской округе: старейший на Волыни Святогорский Зимненский в 5 км от Владимира, монастырь Честного Креста на реке Луге в 10 км от города, монастырь св. Онуфрия на острове на реке Луге, монастырь св. Николая в Литовиже. Новые православные монастыри появились в середине XVI в., в частности, в 30 км от Владимира Иван и Пётр Загоровские основали Загоровский монастырь в честь Рождества Богородицы (современная деревня Новый Загоров). В брестской части епархии положение православных оставалось более тяжёлым, чем на Волыни. Здесь с конца XV в. получила распространение практика, характерная для Польского королевства, когда православные, живущие на территории католического прихода, должны были давать десятину на содержание костёла. Православные боролись за свои права. В 1498 г. православные мещане Дрогичина добились уравнения в правах с католиками, в результате чего в городскую раду должно было входить по семь представителей от каждой стороны. Во второй половине XVI в. в Дрогичине действовали четыре православных храма и Спасо-Преображенский монастырь. В источниках первой половины XVI в. сохранились сведения и о других православных обителях в брестской части епархии: Яблочинском во имя преподобного Онуфрия Великого на берегу Западного Буга, брестском во имя преподобного Симеона Столпника и брестском в честь Рождества Пресвятой Богородицы. Главой православного духовенства в этой части епархии был «протопоп подляшский», стоявший во главе брестского клироса. Таким образом, несмотря на трудности, позиции православия на территории Владимиро-Волынской епархии к середине XVI в. оставались прочными, однако в этот период в жизни православного общества резко проявились многие отрицательные явления. С середины XV в. православные обители на территории епархии постепенно переходили под патронат православных князей и панов. В ряде случаев король, нуждавшийся в средствах, уступал знатным людям свои верховные права в отношении церкви. Так, в 1508 г. Спасо-Преображенский монастырь во Владимире-Волынском был отдан «в заклад» князю Андрею Михайловичу Сангушко вместе с владимирским замком. Первоначально новые патроны заботились об оказавшихся под их покровительством обителях. Однако с XVI в., когда были установлены связи с европейским рынком, и земля стала приносить значительные доходы, светские патроны начали присваивать владения монастырей и разгонять насельников, так что многие обители прекратили существование. Зимненский монастырь продолжал пользоваться поддержкой светских патронов – князей Чарторыйских: в 1495 г. в монастыре был построен каменный храм, в 1566 г. для него был отлит колокол, в обитель делали вклады такие видные представители местной знати, как князья Фёдор Сангушко и Богуш Корецкий. В 1570 г. Зимненскому монастырю принадлежало шесть сёл с угодьями. Однако на месте монастырей во имя архангела Михаила и св. Апостолов во Владимире-Волынском к концу XVI в. уже находились приходские церкви. Ухудшение условий для монастырской жизни сопровождалось ослаблением влияния Владимиро-Волынских епископов на свою паству из-за того, что на кафедру получали назначение недостойные архиерейского сана люди.