Особенно неблагоприятными для православия оказались перемены в Брестской части Владимиро-Волынской епархии. Уже великий князь Витовт (1392–1430 гг.) основал в Бресте два католических монастыря. При его поддержке в Бресте и других городах земли образовались общины из немецких и польских колонистов-католиков, которые получили самоуправление по магдебургскому праву, не распространявшееся на местное городское население. Политика насаждения католичества в брестских землях была поддержана землевладельцами, среди которых значительную группу составляли выходцы из мелкой мазовецкой шляхты, служившей литовским князьям. Неслучайно уже на рубеже XV–XVI вв. суд здесь производился по нормам не «русского», а польского права. Ухудшилось, хотя и не в такой мере, положение православных и на Волыни. Если во второй половине XIV в. Владимиро-Волынские католические епископы не приезжали на Волынь, то после крещения Ягайло ситуация изменилась. Несмотря на то что католическая кафедра была перенесена из Владимира в Луцк, Витовт в 1428 г. наделил её землями в пределах православной Владимиро-Волынской епархии в обоих её частях: волынской и брестской. В этой сложной ситуации Владимиро-Волынские православные епископы могли рассчитывать на поддержку Русских митрополитов, связи с которыми были постоянными, за исключением эпизода, связанного с возведением на Киевскую митрополию Григория Цамблака (около 1364 – после 1450 гг.). В 1405 г., находясь на Волыни, митрополит Киприан поставил Иоанна (Гоголя) епископом Владимирским и Брестским. В 1421 г. Владимир-Волынский посетил митрополит Фотий. В сложном вопросе отношения к унии между католической и православной церквами, заключённой в 1439 г. на Ферраро-Флорентийском соборе, Владимиро-Волынские архиереи не имели твёрдой позиции. Епископ Даниил, по его признанию, «приях... рукоположение на епископство и исповедание своё дал» униату митрополиту Исидору и униатскому Константинопольскому патриарху Григорию III Мамме (1443–1450 гг.). После возвращения западнорусских епархий под власть православного митрополита Ионы епископ Даниил 28 октября 1452 г. принёс покаяние и был утверждён в сане, обязавшись «не сотворити... ничто же по нужди ни от царя (византийского императора), ни от короля». Однако преемник Даниила вместе с другими западнорусскими епископами под давлением короля подчинился приехавшему из Рима и получившему там хиротонию от Григория Маммы Григорию Болгарину. В последующих попытках заключения церковной унии (в 1476 и 1500 гг.) ни Владимиро-Волынские архиереи, ни православные князья и паны Волыни участия не приняли. После того как эти попытки окончились неудачей, именно Владимиро-Волынский епископ Иона по ходатайству православных князей в 1502–1503 гг. был возведён на Киевский митрополичий стол. Положение Владимиро-Волынских епископов укрепилось в годы правления на Волыни сына Ольгерда Свидригайло (1434–1452 гг.), который в борьбе за власть над Великим княжеством Литовским опирался на поддержку православных князей и панов. В 1444 г. Свидригайло подтвердил права кафедры на земли, пожалованные ей Романом Мстиславичем и Любартом, а также право епископов судить подчинённых им духовных лиц, взимать с них подати в епископскую казну, судить православных мирян по семейным делам.