Уволенные члены Синода направили Временному правительству протест против этого акта, в котором признали такой способ формирования Синода не соответствующим каноническим требованиям. От их имени Киевский митрополит Владимир обратился с письмом к председателю Временного правительства князю Георгию Евгеньевичу Львову с просьбой прекратить произвольные увольнения и назначения членов Синода. Однако правительство не отреагировало на это заявление, и 26 апреля члены нового состава Синода собрались на первое заседание. Вместе с тем Временное правительство официально заявляло о своём невмешательстве в церковную жизнь. Так, 16 мая Г.Е. Львов указывал губернским комиссарам, что церковная жизнь определяется лишь церковными законами, часто практикуемое вмешательство в неё местных властей является недопустимым и противозаконным. Правительство также пыталось приостановить натиск на церковно-монастырскую собственность со стороны Советов рабочих и солдатских депутатов и других светских организаций. Вопрос о возможном отделении церкви от государства в России активно обсуждался в обществе. Весной и в начале лета он поднимался на некоторых съездах духовенства и мирян в Воронежской, Тверской, Орловской и других губерниях. Бо́льшая часть духовенства придерживалась следующей позиции: «Православная Церковь не может быть отделена от государства, но должна быть свободна от всякого влияния на неё гражданского управления и управляться только церковными законами. Государство обязано признать православную веру как первую между равными... обеспечить православное духовенство жалованьем и пенсией, содержать на государственные средства учебные заведения, подготавливающие пастырей Церкви, и установить во всех учебных заведениях преподавание Закона Божия на одинаковых с другими предметами правилах, оплачивая труд законоучителей». Этот вопрос поднимался и на проходившем 1–12 июня 1917 г. в Москве Всероссийском съезде духовенства и мирян, на котором рассматривались проблемы преобразований в РПЦ, вопросы об отношении церкви к революции и о проблемах взаимоотношения государства и церкви. Выступивший от имени Временного правительства В.Н. Львов заявил, что целью власти является отделение церкви от государства, но необходима долговременная подготовка к этому акту через дарование церкви свободы и разграничение государственных и церковных полномочий. Делегаты съезда отказались принять данную позицию, рассчитывая на сохранение привилегий православной церкви (при гарантированной свободе вероисповедания). Актуальным оставался вопрос относительно судьбы церковноприходских школ, сохранить ли их в ведении РПЦ при одновременном продолжении государственного финансирования, или передать в ведение Министерства народного просвещения. Этот вопрос активно дебатировался в церковных и политических кругах, среди преподавателей. В церковной среде большинство высказывалось за сохранение церковноприходских школ в ведении РПЦ.