Особое значение ВВЦУ ЮВР уделяло проблеме переустройства прихода в соответствии с уставом, утверждённым Поместным Собором Православной Российской Церкви 1917–1918 гг. 22 июня 1919 г. по этому вопросу было принято постановление, в котором епископу Арсению поручалось «предпринять издание популярных брошюр о приходе с извлечением из приходского устава, с практическими указаниями приходской работы, имея в виду разнообразие жизненных условий в различных городах и сельских местностях». Архиереям предписывалось выделить в епархиальных советах дела о приходе в особую часть, в короткий срок создать приходские советы с объединением их в союзы; благочиннические и епархиальные собрания также должны были уделять повышенное внимание приходскому делу. Весной и летом 1920 г. ВВЦУ ЮВР рассмотрело предложения инженера Петра Максимовича Виридарского, генерала Петра Заустинского и В. Петрова о создании на базе приходов кооперативов, а в конце августа был выработан Устав церковноприходских кооперативов с добавлением проекта Устава Всероссийского братства св. Креста Господня. Братство было призвано «содействовать укреплению православной веры в русском народе», «всячески способствовать восстановлению в прежнем благолепии православных святынь», «распространять просвещение в духе христианской веры и исконных русских начал». Братство было решено организовать в пределах Таврической епархии, его отделения составляли прихожане одного прихода, войсковой части или учреждения, имевшего свой храм. Создание церковноприходских кооперативов поручили генералу П. Заустинскому. ВВЦУ ЮВР уделяло внимание восстановлению преподавания Закона Божия. В сентябре 1920 г. оно обратилось к главе правительства Юга России Александру Васильевичу Кривошеину с просьбой открыть церковноприходские школы. Были утверждены штаты епархиальной женской гимназии, духовной семинарии и духовного училища, планировалось организовать бесплатные богословские курсы для всех желающих. При ВВЦУ ЮВР был создан Церковно-общественный комитет, который в сентябре 1919 г. возглавил Волынский и Житомирский архиепископ Евлогий (Георгиевский). Комитет занимался проблемами церковно-общественной жизни, в частности, большое внимание уделял борьбе с большевизмом, особенно с его разлагающим влиянием на армию, успокоению кубанского казачества. ВВЦУ ЮВР тесно сотрудничало с отделом пропаганды армии генерала А.И. Деникина Освагом (Осведомительно-агитационный отдел – информационное подразделение антибольшевистского движения на Юге России), который распространял воззвания к войскам и населению, а члены ВВЦУ ЮВР объезжали войска и станицы, проповедуя идеи укрепления нравственности и борьбы с наступающими большевиками. В начале декабря 1919 г. при ВВЦУ ЮВР был создан Комитет помощи беженцам духовного звания, который до отъезда в январе из Екатеринодара возглавлял епископ Сумской, викарий Харьковской епархии Митрофан (Абрамов), затем дела принял протопресвитер Г. Шавельский. ВВЦУ ЮВР в качестве следственной инстанции рассмотрело четыре дела по церковно-правовым нарушениям, допущенным архиереями. На место архиепископа Агапита (Вишневского), запрещённого за учинённый им на Украине раскол, был назначен епископ Аксайский, викарий Донской и Новочеркасской епархии Ермоген. Епископа Кубанского Иоанна (Левицкого) уволили на покой. ВВЦУ ЮВР объявило 25–27 сентября 1920 г. «днями траура и молитвенной памяти убитых и в смуте погибших», приурочив их к Воздвижению Честного и Животворящего Креста Господня. В Севастополь была привезена находившаяся в Сербии чудотворная Курская-Коренная икона Божьей Матери «Знамение». 15 октября 1920 г. на проходившем в Севастополе заседании ВВЦУ ЮВР архиепископ Евлогий (Георгиевский) был назначен управляющим русскими приходами в Западной Европе с правами епархиального архиерея. В ноябре 1920 г. Крым был занят Красной Армией. Часть членов ВВЦУ ЮВР эмигрировали с войсками генерала П.Н. Врангеля, архиепископ Димитрий остался в России. 19 ноября в Стамбуле иерархи – члены ВВЦУ ЮВР провели под председательством митрополита Антония (Храповицкого) заседание, на котором постановили продлить за границей полномочия членов ВВЦУ ЮВР для организации духовной жизни русской эмиграции.