Непосредственным результатом встречи было то, что Амр восстановил Вениамина в правах, которых его лишил патриарх Кир, и признал его единственным представителем народа Египта. Вениамин молился за Амра, относясь к нему с глубоким почтением. Он намеревался возродить египетскую церковь, действуя в русле политики патриарха Дамиана, заложил основы взаимоотношений между Коптской церковью и арабами, которые всегда чтили «людей Писания», хотя позднее эти отношения усложнились. Вениамину удалось на значительный срок укрепить единство своей церкви. Многие из тех, кто бежали в Пентаполь, стали возвращаться, некоторые епископы (например, Кир Никиуский и Виктор Пиомский), перешедшие на сторону патриарха Кира, вернулись в Коптскую церковь. В то время в Египте было значительное число халкидонитов, стойко придерживавшихся своих убеждений, что создавало благоприятные условия для мусульманских властей: они строили свою политику, учитывая разногласие двух общин. Мусульманские власти были вполне удовлетворены деятельностью Вениамина по поддержанию порядка среди своей паствы. Он исполнял судейские обязанности в соответствии с нормами византийского права, часто посещал диоцезы и монастыри, восстанавливал храмы там, где это было необходимо. Благодаря его усилиям в Египте осталась глава евангелиста Марка, которую греки хотели тайно вывезти в Византию. Впоследствии, между 645 и 647 гг., её перенесли в монастырь Макария в Скиту. По этому поводу Вениамин написал установления для монахов этого монастыря. Он руководил Коптской церковью при преемнике Амра Абдаллахе ибн Сааде (645–655 гг.), известном своей алчностью, которая привела к ухудшению экономического положения завоёванного населения и, как мог, помогал своей пастве. После кончины Вениамина вокруг его имени сложился ряд легенд, например, о том, что его душу на небо возносили не только ангелы, но и Афанасий Великий Александрийский, патриарх Севир Антиохийский, Феодосий, что свидетельствует о его почитании в Коптской церкви как одного из столпов вероучения, сохранившего его в годы арабского завоевания Египта. От богословского и гомилетического наследия Вениамина на коптском языке сохранилась проповедь на Евангелие от Иоанна (2:1–11 – о чуде в Кане Галилейской) на саидском диалекте в отрывках, на бохайрском – полностью, отрывки из проповеди об архимандрите Шенуте, переводы некоторых его творений на арабский язык.