В середине апреля 1923 г. Владимир был переведён в Москву, в Бутырскую тюрьму. 20 апреля Коллегия ГПУ постановила передать дело на рассмотрение Комиссии НКВД по административным высылкам, которая признала его виновным в том, что он, «находясь в г. Барнауле и г. Бийске, вёл злостную агитацию путём проповедей к свержению советской власти», и 16 мая постановила выслать на три года в Коми (Зырян) автономную область. Владимир отбывал ссылку в селе Ижма. После окончания срока ссылки в июле 1926 г. поселился у матери и брата-священника в селе Волково-Егорье Ельнинского уезда Смоленской губернии. 16 февраля 1927 г. съезд духовенства и мирян Барнаульской епархии единогласно избрал Владимира на Барнаульскую кафедру. Делегаты съезда приехали к нему в Смоленскую губернию, откуда вместе с ним отправились в Москву. Хиротония состоялась 30 марта, её возглавил, как полагают исследователи, Заместитель Патриаршего Местоблюстителя архиепископ Серафим (Самойлович; выполнял обязанности Заместителя Патриаршего Местоблюстителя с 29 декабря 1926 г. по 12 апреля 1927 г.), который взял с Владимира клятву признавать только патриаршее управление и не подчиняться григорианскому Временному высшему церковному совету (ВВЦС; такая клятва давалась новопоставленными епископами по распоряжению Патриаршего Местоблюстителя митрополита Петра (Полянского), находившегося с 10 декабря 1925 г. в заключении). Приехав в Барнаул, Владимир созвал епархиальный совет для обсуждения состояния церковных дел (наиболее актуальным было определение отношения к григорианскому расколу). Епархиальный совет постановил до созыва второго епархиального съезда, на котором должен был решаться вопрос о высшей церковной власти, поддерживать связь с ВВЦС. В обстановке неопределённости и ложных сведений из Москвы о состоянии высшего церковного управления Владимир и епархиальный совет предполагали объявить Барнаульскую епархию автокефальной. Однако опыт Томской епархии, в которой объявление автокефалии архиепископом Димитрием (Беликовым) породило расколы и отторжение от патриаршей церкви, заставил Владимира отказаться от такого рода планов. Наблюдения за действиями сторонников Григория (Яцковского) привели его к мнению о неканоничности («Самочинности») ВВЦС (впоследствии архиерей говорил: «ВВЦС... искусственно создан соввластью для раскола на мелкие группы нашей единой староцерковной церкви»). Однако на состоявшемся в мае 1927 г. заседании епархиального совета сторонникам признания ВВЦС, которых в совете было большинство, удалось склонить его к подписанию решения о подчинении епархии раскольникам. Обращение епархиального совета к клирикам и мирянам епархии о признании ВВЦС было опубликовано и распространено по епархии; 24–25 июня 1927 г. расширенный президиум епархиального совета Барнаульской епархии принял резолюцию, в которой объявил ВВЦС «коллегией православных епископов по устроению Русской Православной Церкви». Почти сразу же Владимир отказался от своей подписи под решением епархиального совета и не принял резолюцию президиума совета.