Введение богослужения на славянском языке привело к столкновениям Кирилла и Мефодия с западными архипресвитерами, отвергавшими такую практику. Стремясь создать для Великой Моравии независимую от франкской церкви особую церковную организацию, князь Ростислав направил в 867 г. Кирилла и Мефодия к патриарху Градо в Венецию, рассчитывая, что тот посвятит братьев в епископский сан, но их поездка успеха не имела. В начале 869 г. они по вызову папы прибыли в Рим, но там рукоположили во священников и диаконов только их учеников. Князь Ростислав продолжил хлопоты о создании для Великой Моравии особой церковной организации и добился своей цели в конце 869 – начале 870 гг., уже после смерти Кирилла. По ходатайству князя Ростислава и его союзника, паннонского князя Коцела, папа Адриан II (867–872 гг.) поставил Мефодия главой обновлённой Сирмийской митрополии, непосредственно подчинённой Риму. В состав этой митрополии должны были войти владения князя Коцела в Паннонии и Великая Моравия. После поражения князя Ростислава в борьбе с Людовиком Немецким синод баварских епископов в ноябре 870 г. обвинил Мефодия в самовольных действиях на территории чужого диоцеза и заключил его в тюрьму. Управление церковными делами в Моравии, занятой войсками Людовика Немецкого, оказалось в руках баварского духовенства. Во время вспыхнувшего в Великой Моравии восстания оно было изгнано из страны вместе с немецкими графами. Благодаря успешным действиям восставших и вмешательству папы Иоанна VIII (872–882 гг.), признавшего суд над Мефодием незаконным, он был освобождён и в 873 г. приступил к управлению Моравским архиепископством. Несмотря на предписание папы не совершать богослужения на славянском языке, Мефодий продолжил прежнюю практику. О его пастырской деятельности как Моравского архиепископа сохранились немногие, достаточно отрывочные свидетельства, позволяющие определённо утверждать, что Мефодий боролся с пережитками языческих обычаев, прежде всего, в среде княжеских дружинников. Многие исследователи связывают с его деятельностью составление «Закона судного людем», в котором с использованием материалов «Эклоги», свода византийских законов VIII в., устанавливались суровые церковные и светские наказания за нарушение христианских норм семейных отношений. Князь Святополк и его дружинники, недовольные действиями Мефодия, предпочли немецких священников, которые следовали практике каролингской церкви, налагавшей менее суровые наказания, а также служили мессу на латинском языке. Ободрённые этим, немецкие священники во главе с Вихингом вернулись в Великую Моравию после заключения мира между Святополком и восточнофранкским королём Людовиком Немецким и отказывались повиноваться архиепископу Мефодию. Они обвиняли его в ереси, потому что Мефодий не признавал дополнения «и от Сына» (Filioque), внесённого франкской церковью в текст Символа веры. Кроме того, выступали и против богослужения на славянском языке. Эти обвинения по адресу Мефодия князь Святополк переслал в Рим. Споры были урегулированы во время поездки Мефодия и Вихинга в Рим весной 880 г.