В этой работе он отстаивал принципы, лежавшие в основе философии его учителя Плифона, и открыто выступал как сторонник платонизма. Сочинение было написано как ответ на инвективы Георгия Трапезундского в сочинении «Сравнение философов Платона и Аристотеля». Виссарион доказывал преимущества философии Платона перед философией Аристотеля. Разбирая текст Георгия Трапезундского, опровергал главный его тезис о том, что философская система Платона не носила законченного характера и противоречит христианскому учению. Виссарион полагал, что во многих областях знания, особенно в риторике и диалектике, Платон значительно превзошёл Аристотеля. Философская система Платона не сохранилась, но это не является доказательством её отсутствия, т.к. она могла носить эзотерический характер. Опровергая тезис о враждебности философии Платона христианству, Виссарион считал, что некоторые идеи Платона предвосхитили христианское учение о Святой Троице. Кроме того, он указывал, что платоновская философия монотеистична, а учение Платона о провидении, бессмертии души также, по Виссариону, близки христианскому учению. Его богословские сочинения носят преимущественно полемический характер и посвящены, в основном, защите латинского учения о Filioque. Виссарион в своей полемике с православной партией опирается на произведения Иоанна XI Векка (ум. в 1297 г.) и Димитрия Кидониса (1324–1398 гг.), а также латинских схоластов, в первую очередь, Фомы Аквинского (около 1225 – 1274 гг.). К ранним догматическим работам Виссариона принадлежит законченный в 1439 г. трактат «На возражения Паламы против Векка». Основная цель этого сочинения – защита позиции Константинопольского патриарха Иоанна XI Векка по отношению к Лионской унии от обвинений Григория Паламы (около 1296 – 1357 гг.). Критикуя обвинения в адрес Иоанна Векка и рассматривая латинское учение об исхождении Святого Духа от Отца и Сына, Виссарион заявлял о тождестве греческой формулы «через» и латинской «от» в учении об исхождении Святого Духа. В трактатах периода Флорентийской унии он подверг резкой критике взгляды православных учёных, прежде всего, Марка Эфесского. Особую роль в богословской полемике вокруг проблемы объединения церквей имела его речь на Флорентийском соборе в апреле 1439 г. («Догматическая речь к Собору о соединении»), которая содержала основные положения тех религиозных и политических уступок, на которые были готовы пойти латинофилы для заключения унии. Тема объединения церквей вновь звучит в сочинении 1440–1445 гг. «К Алексею Ласкарису Филантропину об исхождении Святого Духа», в котором Виссарион излагает события Флорентийского собора и защищает унию. Наиболее ярко его пролатинская позиция нашла выражение в сочинении «Опровержении силлогических глав Марка Эфесского», написанном в 1445–1447 гг. Подвергая критике Марка Евгеника, Виссарион приводит основные доводы оппонента и тут же даёт их опровержение, применяя силлогический метод. Он опирается в своей аргументации на латинское учение о Filioque, рассматривает вопросы об определении сущностных свойств ипостасей Святой Троицы и об отношении между ними, чтобы вывести учение об исхождении Святого Духа.