В традициях византийского искусства здесь помещены фигура заказчика, пространная молитва и обширная вкладная надпись. При Новгородском архиепископе Макарии (конец 1520 – 1530 гг.) Васильевские врата были перенесены в придел Софийского собора во имя святых Гурия, Самона и Авива, отремонтированы и переделаны. Прямоугольное завершение заменили на полукруглое, древние пластины (например, Сошествие Святого Духа; «Царь Давид порази Голиафа») – на новые, некоторые были добавлены (четыре пластины вверху и образы святых Гурия, Самона и Авива). В сюжетах дополнительных пластин (Моления праведных Иоакима и Анны, Рождество Богородицы, Введение Богородицы во храм, святые Гурий, Самон и Авив) подчёркивалась тема Рождения Спасителя, благословения брака и семьи, что, очевидно, было связано с «молением о чадородии» – ожиданием наследника в семье великого князя Василия III Ивановича. Техника исполнения новых пластин была иной: черневой рисунок фигур процарапывался по золотому фону. Стиль изображений, по мнению слависта и палеографа Марфы Вячеславовны Щепкиной (1894–1984 гг.), отличался от древнейших пластин и был близок миниатюрам макариевских лицевых рукописей. Как полагают исследователи, после присоединения Великого Новгорода к Москве техника и декорация Васильевских врат оказали влияние на русское искусство и традиции храмового убранства, послужили образцом для церковных дверей Успенского (начало XVI в.) и Благовещенского (середина – вторая половина XVI в.) соборов Московского Кремля, а также Троицкого собора Ипатьевского монастыря в Костроме (конец XVI в.). После 1570 г., по-видимому, уже в Александровской слободе, Васильевские врата были дополнены новыми изображениями: на валике ниже фигур Спасителя и Богородицы появилась фигура небесного покровителя царя Ивана IV Грозного – св. Иоанна Предтечи (тип «Ангел пустыни»). Возможно, тогда же было добавлено изображение Святой Троицы на центральном валике, хотя Виктор Никитич Лазарев (1897–1976 гг.) склонялся к мнению о появлении его в 1660 гг. в связи с переосвящением храма.