В ряде случаев на миниатюрах появляются отдельные детали, не упомянутые в тексте Минология Василия II, но известные из других источников. Например, на с. 2 у подножия столпа преподобного Симеона изображены люди в арабских костюмах, один из них обращается с мольбой к стоящему рядом старцу в монашеском облачении, этот эпизод известен из «Истории Церкви» св. Феодорита. В других случаях миниатюры противоречат тексту: в Житии святых Перпетуи и Филицитаты на с. 366 сказано, что их забодали коровы, тогда как на миниатюре мученицы погибают от меча. В некоторых случаях художники попытались исправить допущенные ими несоответствия между иллюстрациями и текстами: на с. 144 св. Кириак Иерусалимский сначала был изображён в печи с воздетыми руками, затем его правая рука была закрашена и нарисована рядом отрубленной, что соответствовало тексту Жития. Очевидно, стремясь вместить Житие в 16 строк и работая уже после того, как были сделаны миниатюры, редактор текста был вынужден опускать подробности, а иногда изменять повествование, чтобы оно соответствовало миниатюре. Ошибки могли возникнуть также из-за неясности указаний, данных художникам, или из-за плохого состояния образцов. Вопрос об источнике иконографии миниатюр Минология Василия II остаётся нерешённым. Появление в миниатюрах редких деталей, не упомянутых в тексте, говорит о том, что в ряде случаев копировались изображения, созданные не для кратких синаксарей. Так, выдающийся французский византолог Габриэль Милле (1867–1952 гг.) предполагал, что источниками миниатюр Минология Василия II были иконы, фрески, мозаики, иллюстрированные рукописи и произведения декоративно-прикладного искусства, создававшиеся в местах почитания святых и затем распространявшиеся по всей Византийской империи. Курт Вайцман (1904–1993 гг.) считал, что миниатюры были скопированы с рукописей разного содержания – минологиев, книг Ветхого и Нового Заветов, творений отцов церкви и т.п. Большинство исследователей (П. Франки де Кавальери, С.М. Дер-Нерсесян, И.И. Шевченко и др.) полагают, что между источниками такого рода и миниатюрами Минология Василия II существовало промежуточное звено – другой иллюстрированный синаксарь или памятник, подобный поздним иконописным подлинникам. Об этом свидетельствует единообразие композиций и деталей, несмотря на то что они были созданы разными художниками. Метод их работы также подтверждает то, что сюжеты миниатюр были собраны и объединены в одно целое в Минологии Василия II не впервые. Разрабатывая гипотезу о существовании более древнего синаксаря, послужившего источником для миниатюр Минология Василия II, П. Франки де Кавальери и С.М. Дер-Нерсесян сравнили их с близкими по иконографии иллюстрациями более поздних минологиев, взяв три иллюстрированные рукописи так называемого Императорского Минология: Московский Минологий (Исторический музей, февраль-март), Балтиморский Минологий и фрагменты Житий из Музея Бенаки в Афинах (декабрь и февраль).