Летом 1915 г. Варшавский университет был эвакуирован в Ростов-на-Дону, 5 мая 1917 г. переименован в Донской университет. 15 октября 1917 г. П.В. Верховский был утверждён ординарным профессором Донского университета по кафедре церковного права. В Ростове-на-Дону активно участвовал в церковной жизни. 21–23 марта 1917 г. представлял мирян Ростовского округа на Екатеринославском епархиальном съезде, который приветствовал Февральскую революцию и призвал верующих поддержать Временное правительство. П.В. Верховский был участником Поместного Собора России 1917–1918 гг., считал восстановление патриаршества величайшим событием в жизни русского народа. Был награждён орденами св. Станислава третьей (1911 г.) и второй (1914 г.) степени, св. Анны второй степени (1917 г.). В 1919 г. на соборе в Ставрополе при поддержке Антона Ивановича Деникина возникло Временное высшее церковное управление (ВВЦУ), в состав которого вошёл П.В. Верховский. Один из главных деятелей ВВЦУ, протопресвитер военного духовенства Георгий Шавельский, характеризовал его как генератора идей и неутомимого труженика на пользу православия – значительная часть указов ВВЦУ по принципиальным вопросам, по свидетельству Георгия Шавельского, была составлена П.В. Верховским. Учёный часто публиковался в местной периодике, редактировал ростовский журнал «Церковь и жизнь», в 1918/1919 гг. преподавал Закон Божий в Ростовском коммерческом училище, входил в приходское правление храма св. Александра Невского. Весной 1920 г. в Донском крае окончательно установилась советская власть. В мае того же года Ростовский и Таганрогский епископ Арсений (Смоленец) рукоположил П.В. Верховского во священника, 21 сентября назначил настоятелем соборной церкви в честь Рождества Пресвятой Богородицы в Ростове-на-Дону. Из университета П.В. Верховский был уволен. 12 июля 1921 г. его арестовали по обвинению в принадлежности к «контрреволюционной организации князя Ухтомского». 23 октября на П.В. Верховского было заведено особое дело, 24 октября он был освобождён под подписку о невыезде. В 1922 г. его вновь арестовали, вскоре освободили, затем этапировали в Москву, через некоторое время освободили. В октябре того же года П.В. Верховский стал сотрудником Центрального института труда ВЦСПС, где составлял методические брошюры по делопроизводству. В 1936 г. его арестовали по старому делу, приговорили к длительному заключению с последующей ссылкой. П.В. Верховский скончался в ссылке.