Во введении к докторской диссертации Василий так определил свой метод исследования: «Экзегесис должен утверждаться на филологии, носить... критический характер… При внимательном изучении обширной западной литературы о рассматриваемом послании нашими всегдашними руководителями в решении труднейших исагогических и экзегетических вопросов были отцы и учители Церкви». Василий тщательно следил за развитием библейской науки на Западе, о чём свидетельствуют регулярно публиковавшиеся им «Экзегетические заметки» (Киев, 1904–1905 гг.). Но его современники отмечали, что он уделял излишнее внимание разбору гиперкритических гипотез западных библеистов, в том числе и не имевших серьёзного научного значения, зачастую в ущерб изложению собственных взглядов или церковного учения, что анализ в его работах всегда преобладал над синтезом. По мнению К. Попова, в полемике с западной наукой Василий во многом оказывался зависимым от господствовавшей в ней проблематики. В ходе полемики с западными библеистами проявился апологетический характер его трудов. Так, например, несмотря на указание 1 Кор. 5:9, Василий отрицает возможность того, что некоторые послания апостола Павла могли не сохраниться, на том основании, что это означало бы признать, что «некоторые писания Апостолов оказались бы бесполезными для жизни Церкви, или что последняя отнеслась к ним небрежно». Придерживаясь ранней датировки книги Деяния святых апостолов и доказывая историческую и литературную достоверность речей апостолов (Деян. 2 и сл.), Василий отвергал возможность использования её автором, евангелистом Лукой, письменных источников. Защищал тезис об аутентичности Послания к Евреям, при этом в решении вопроса об авторстве не основывал своих выводов на анализе языковых особенностей этого послания, его отличий от других посланий апостола Павла и специфических черт богословия этого текста. Исследуя Евангелие от Матфея, настаивал на том, что все притчи главы 13 произнесены в один день, и евангелист не мог их редактировать, объединяя относящийся к разному времени материал в тематические блоки (например, Мф. 5–7; 8–9; 13). К наиболее сильным сторонам экзегетических трудов Василия исследователи относят филологический анализ текстов. Его толкования основываются на максимально точном выяснении значения отдельных слов и выражений и определении их синтаксических связей. Такое внимание к мельчайшим нюансам текста приводило в ряде случаев к несогласию исследователя не только с современными ему западными комментаторами, но и с православными толкователями, как древними, так и новыми. Василий всегда учитывал варианты текста, известные из рукописей и святоотеческих произведений, пользовался критическими изданиями своего времени и обращал особое внимание на разночтения в славянских памятниках. Тон его сочинений, несмотря на полемическую остроту отдельных мест, всегда спокоен и уравновешен, литературный стиль отличается ясностью и точностью выражения мысли. Ряд сочинений Василия посвящён проблемам философии (греческой, философии Иммануила Канта) и патрологии, актуальным религиозным (теософия, учение Льва Николаевича Толстого) и социальным (благотворительность, воспитание) проблемам. Василий перевёл и опубликовал несколько сочинений Тертуллиана и Августина Блаженного.