14 июля 1921 г. вместе с другими православными архиереями он подписал Обращение Собора епископов Украины с призывом не признавать решений автокефалистского Украинского церковного собора Киевщины. 18 августа 1921 г. вместе со всем епископатом Украинской церкви во главе с управляющим Киевской епархией Гродненским и Брестским архиепископом Михаилом (Ермаковым) Василий подписал Обращение Собора епископов Украины, направленное против самосвятского лжесобора и автокефалистского раскола, возглавляемого Василием Константиновичем Липковским. Василий был готов к диалогу с раскольниками, его целью было убедить их прекратить антицерковную деятельность. Так, 26 февраля 1920 г. он присутствовал на литургии в трапезном храме Софийского собора (Малой Софии), совершаемой на украинском языке приверженцами В.К. Липковского, затем отслужил панихиду по Тарасу Григорьевичу Шевченко. На лжесоборе 1921 г. также сообщалось, что в том году на Пасху приверженцы В.К. Липковского приходили к Василию, и он их принял, христосовался с ними со слезами на глазах, однако негативного отношения к автокефалистскому движению не изменил. В ночь со среды на четверг на Страстной седмице 1923 г. как архиерей, не признавший ни самосвятской Украинской церкви, ни обновленческого Высшего церковного управления, Василий был арестован вместе с архиепископом Михаилом и епископом Димитрием. Содержался в Бутырской тюрьме в Москве. 12 апреля 1924 г. патриарх Тихон безрезультатно ходатайствовал о его освобождении. Василий был приговорён к ссылке, с мая 1923 г. по август 1924 г. находился в селе Ижма Коми (Зырян) автономной области. После окончания ссылки вернулся в Киев, был назначен епископом Прилукским. В 1925 г. возведён в сан архиепископа и награждён правом ношения креста на клобуке, в конце 1925 – начале 1926 гг. вновь назначен на Каневскую кафедру. 12 марта 1926 г. вместе с другими украинскими архиереями выступил против григорианского раскола, подписав обращение к Заместителю Патриаршего Местоблюстителя митрополиту Сергию (Страгородскому) с осуждением организаторов раскола. По некоторым сведениям, скончался от голода, был погребён в главном храме Киево-Братского монастыря, после разрушения которого останки Василия перенесли на Лукьяновское кладбище в Киеве. Василий является одним из значительных представителей дореволюционной русской богословской науки. Основную часть его наследия составляют труды по изучению Священного Писания Нового Завета – это магистерская и докторская диссертации, исследование Евангелия от Матфея, посвящённое экзегетическому разбору текста с 8 главы, также несколько десятков журнальных статей (в основном, в «Трудах Киевской Духовной Академии») и брошюр по различным проблемам изучения Нового Завета и толкованию отдельных новозаветных книг.