Также Министерство исповеданий предложило Киевской духовной академии разработать программу теологических факультетов, которая была утверждена на Совете Киевской духовной академии 13 июля 1918 г., однако на третьей сессии Всеукраинского Собора митрополит Антоний в резкой форме выступил против нового устава Киевской духовной академии и других инициатив Министерства исповеданий, в частности, против открытия богословских факультетов при университетах Украины. В 1918 г. по решению Всеукраинского Собора Василий был назначен председателем переводческого комитета при Киевской митрополии, организованного для работы над переводом Священного Писания и богослужебных текстов на украинский язык. Его работа в этой области не удовлетворила националистов, о чём свидетельствуют многочисленные упрёки участников «самосвятского» лжесобора 1921 г., адресованные архиерею и возглавляемому им комитету. На третьей сессии Всеукраинского Собора Учебная комиссия во главе с Василием выступила с предложениями реформировать образование в семинариях. Первые четыре класса духовных семинарий должны были быть преобразованы в отдельные мужские школы с преподаванием общеобразовательных дисциплин, после их окончания выпускники получали право продолжить обучение в светских учебных заведениях. Пятые и шестые классы духовных семинарий должны были стать пастырско-богословскими школами с более сложной, чем в семинарии, программой, включающей в себя специальные богословские дисциплины. Для ректора Киевской духовной семинарии был признан необходимым епископский сан, в соответствии с чем 22 октября 1918 г. состоялась хиротония ректора архимандрита Амвросия (Полянского) во епископа Винницкого. Однако большинство разработанных Учебной комиссией материалов делегаты Собора не успели рассмотреть, заседания были прерваны государственным переворотом и приходом к власти Директории, которую вскоре возглавил Симон Васильевич Петлюра. После ареста и высылки в Галицию митрополита Антония и архиепископа Евлогия (Георгиевского) 20–21 декабря 1918 г. в Киеве по инициативе Херсонского и Одесского митрополита Платона (Рождественского) был собран Собор украинских православных архиереев, на котором постановили образовать Контору Священного Собора епископов Украины для решения церковных дел между сессиями Собора. Контору возглавил Дионисий (Валединский), епископ Кременецкий, викарий Волынской епархии, её членами были избраны Киевские викарии – Василий и Уманский епископ Димитрий (Вербицкий). Однако реальным органом высшей церковной власти Контора так и не смогла стать, поскольку 1 января 1919 г. Директория своим декретом объявила об автокефалии Украинской церкви, в связи с чем из приверженцев автокефалии во главе с Екатеринославским архиепископом Агапитом (Вишневским) была сформирована так называемая Украинская высшая освященная церковная рада. В период развития на Украине раскольнических движений, закончившийся образованием в 1921 г. самосвятской Украинской автокефальной православной церкви, Василий твёрдо придерживался принципа канонической верности украинских епархий патриарху Тихону.