В 1824 г. в Покровском приделе собора был похоронен Ярославский архиепископ Антоний (Знаменский), в 1903 г. – Кирилловский епископ Арсений (Иващенко). В 1890 г. при Варлаамиевом Хутынском монастыре открылась церковноприходская школа. В начале XX в. в монастыре жили 26 насельников. Монастырю принадлежали луга на левом берегу Волхова, две пожни, рыбные ловли по Малому Волховцу и Волхову, озеро Сереберское в Валдайском уезде, три мельницы на реке Робейка, две варницы в Старой Русе, подворье на Буяновской ул. Новгорода. В 1920 г. Варлаамиев Хутынский монастырь был закрыт, монастырское имущество на сумму 166 851 руб. конфисковано. Десять престарелых насельников приписали к обращённым в приходские Преображенскому и Варлаамиевскому храмам, остальных монахов поставили на учёт на бирже труда. В 1930 и 1932 гг. Варлаамиевский и Преображенский храмы были переданы Новгородскому музею, остальные постройки – военному ведомству. В 1932 г. последний настоятель Варлаамиева Хутынского монастыря архимандрит Серафим (Тихомиров), иеромонахи Виталий (Летенков), Никодим (Кузин) и несколько послушников переселились в деревню Хутынь и стали совершать регулярные богослужения. Вскоре они были арестованы, обвинены в создании нелегального монастыря и «антисоветской агитации» и решением особого совещания при коллегии ОГПУ 23 сентября 1932 г. приговорены к трём годам ссылки; в 1937 г. иеромонах Виталий (Летенков) был расстрелян. В разное время в корпусах Варлаамиева Хутынского монастыря размещались школа начсостава Ленинградской области, психиатрическая больница. В 1941–1943 гг. монастырь пострадал от артобстрелов и бомбёжек, захватившие монастырь немецкие войска устроили в нём наблюдательный пункт. В Преображенском и Варлаамиевом храмах обрушились своды, в стенах образовались глубокие трещины, на колокольне пострадали фасады и верхний ярус звона, в западном и южном корпусах отсутствовали верхние перекрытия. В 1976 г. в Варлаамиевом Хутынском монастыре под руководством Григория Михайловича Штендера начались комплексные восстановительно-реставрационные работы, к 1993 г. была завершена реставрация Преображенского собора, части келейного корпуса. В 1950–1980 гг. в полуразрушенные храмы Варлаамиева Хутынского монастыря приходили верующие, зажигали лампады и свечи, читали тропарь и акафист Варлааму. В 1991 г. монастырь был передан Новгородской епархии Русской православной церкви, 19 ноября 1993 г. возобновлён как женский. В 1994 г. в келейном корпусе был освящён домовый храм во имя Римского папы Льва I. К осени 1998 г. завершён ремонт приделов Преображенского собора: южного Покровского и северного, освящённого в августе 1998 г. во имя апостола Иоанна Богослова. К 2003 г. восстановлены также трапезный храм Варлаама Хутынского, колокольня, к востоку от которой возводится больничный корпус. В Преображенском соборе устроена новая серебряная рака над пребывающими под спудом мощами Варлаама. На горке, где, по преданию, стояла келья Варлаама, построена деревянная часовня; над колодцем, изрытым преподобным, поставлена сень. В Новгородском музее хранятся отдельные предметы, ранее находившиеся в Варлаамиевом Хутынском монастыре: поручи Варлаама, иконы: «Видение пономаря Тарасия» (XVI в.), «Преподобный Варлаам Хутынский в деяниях» с 38 клеймами (начало XVII в.), три шитых покрова с изображением Варлаама. К сентябрю 2003 г. в обители жили 38 сестёр, игуменья – Алексия (Симдянкина). В монастыре действуют иконописная и пошивочная мастерские, заведено обширное хозяйство. Ежегодно 6 (19) августа, в день Преображения Господня, 6 (19) ноября, в день памяти Варлаама, а также во вторую пятницу Петрова поста в Варлаамиевом Хутынском монастыре совершаются крестные ходы.