Согласно описи 1642 г., помимо Преображенского, Варлаамиева, Григорьевского и Ильинского храмов в монастыре находились две каменные поварни, каменная палата над погребом, 15 деревянных келий, поваренная изба, ограда, хозяйственный двор. В середине XVII в. к западу от собора по сторонам от надвратного Ильинского храма были построены соединённые между собой корпуса келий для архиерея, казначея и настоятеля, к югу от собора – братские кельи. В 1645 г. в Неревском конце Новгорода, где жил до пострига Варлаам, братия обители поставила деревянную часовню. В 1723 г. в Варлаамиевом Хутынском монастыре жили 58 насельников, в 1738 г. – 20. В середине XVIII в. монастырь владел около 5500 крестьянами. К Варлаамиеву Хутынскому монастырю были приписаны Городолюбльский монастырь близ Вышнего Волочка и основанный учеником Варлаама Ксенофонтом Робейский Троицкий монастырь. Ежегодно в день памяти Варлаама 6 ноября в монастыре совершалось архиерейское богослужение, в первую пятницу Петрова поста из новгородского Софийского собора в Варлаамиев Хутынский монастырь совершался крестный ход в память о чудесном предсказании Варлаама прибыть в Софийский собор в первую неделю Петрова поста по снегу на санях. В XIX в. крестные ходы вокруг монастыря (6 ноября, в день памяти Варлаама, и в первую пятницу Петрова поста) совершались с особой торжественностью, в том числе в лодках по Волхову, богомольцам раздавались еда и деньги. В 1764 г. Варлаамиев Хутынский монастырь был причислен к первому классу; по штатам в монастыре должны были жить помимо настоятеля 32 насельника. В 1758–1764 гг. и в 1787 г. – 1920 гг. настоятелями монастыря были викарии Новгородской епархии, в их числе Тихон (Соколов; 1761–1763 гг.), епископы Евгений (Болховитинов; 1804–1808 гг.), Амвросий (Орнатский; 1816–1819 гг.), Алексий (Симанский; 1916–1920 гг., впоследствии Патриарх Московский и всея Руси Алексий I), другие видные архиереи. С конца XVIII в. шла реконструкция и перестройка монастырского комплекса. Церковь во имя священномученика Григория была разобрана, в 1759–1761 и 1767/1768 – 1774 гг. над южными воротами монастыря построили колокольню. После пожара 1787 г. был заново расписан Преображенский собор, к северу от собора восстановлен и освящён храм во имя Всех святых с больничным корпусом (время возведения более древнего храма с таким посвящением исследователям неизвестно). В 1797 г. перестроили Варлаамиевскую церковь с трапезной палатой, отремонтировали западный и южный корпуса. В 1820 гг. по проектам губернского архитектора Ивана Дмитрова были реконструированы в стиле позднего классицизма Всехсвятская церковь, южный корпус братских келий, в котором между настоятельскими и казначейскими покоями был освящён домовый храм во имя апостола Иоанна Богослова. В 1851 г. в арке, соединяющей Покровский придел с главным нефом собора, установили новую серебряную раку над мощами Варлаама. В ризнице монастыря и у раки преподобного хранились предметы, по преданию ему принадлежавшие: фелонь, поручи, власяница, вериги. В Варлаамиевом Хутынском монастыре особо почитались храмовая икона «Преображения Господня» XVI в., находившаяся в шестиярусном иконостасе собора, несколько икон Варлаама XVI–XVII вв. В 1816 г. в северном приделе апостола Иоанна Богослова Преображенского собора, согласно завещанию, был похоронен Гавриил Романович Державин, по просьбе вдовы поэта Дарьи Алексеевны Державиной (Дьяковой) придел был переосвящён во имя архангела Гавриила (в 1959 г. останки Г.Р. Державина были перезахоронены в Новгородском кремле, в 1993 г. возвращены в Варлаамиев Хутынский монастырь).