После закрытия храмов лавры и Московской духовной академии (1919 г.) служил в Пятницкой церкви в городе Сергиеве, где был образован приход из студентов академии и монахов лаврых. Вместе с архимандритом Варфоломеем (Ремовым) Вассиан фактически руководил жизнью Пятницкого прихода, но во избежание подозрений со стороны властей в подпольном существовании монастыря на приходе настоятелем храма по их прошению патриарх Тихон назначил протоиерея Евгения Воронцова. Прихожанами Пятницкой церкви и духовными чадами Вассиана были монахини закрытого кашинского в честь Сретения Господня монастыря Тверской губернии (игуменья Нина, монахиня Клеопатра (Палицына), схимница Надежда, монахиня Зинаида, послушница Тавифа), поселившиеся на окраине Сергиева. Все они начинали свой монашеский путь в Дивеевской обители, и от них Вассиан воспринял особое почитание преподобного Серафима. Когда стало известно о подготовке вскрытия мощей преподобного Сергия, Вассиан бесстрашно обращался к народу с проповедями о значении лавры и с призывами оградить её от возможных нападений. Присутствовать на вскрытии он отказался. По воспоминаниям С.А. Волкова, Вассиан обладал исключительным ораторским дарованием: «Его проповеди были поразительны и по содержанию, и по мастерству изложения... их слушали с напряжённым вниманием и потом долго вспоминали о них в разговорах». Он «обладал незаурядным умом, отличался удивительно ясным и чётким мышлением... И в жизни, и в мышлении... умел разграничить области веры и позитивного знания: в первой он был твёрд и послушен, в другой – последовательно критичен и аналитичен». После окончательного закрытия лавры в ноябре 1919 г. Вассиан и архимандрит Варфоломей поселились в доме профессора Петра Симоновича Казанского. Вскоре Вассиан был возведён в сан игумена. В начале 1921 г. патриарх Тихон обратился к архиепископу Рязанскому и Зарайскому Вениамину (Муратовскому) с предложением учредить в епархии на основании определения Поместного Собора Российской Православной Церкви 1917–1918 гг. «О викарных епископах» «возможно в большем количестве викарные епископии». Средства на содержание викариев планировалось изыскать на местах. Собрание духовенства и прихожан Егорьевска 27 марта 1921 г. поддержало предложение архиепископа Вениамина о создании викариатства, и вскоре на Егорьевскую кафедру был назначен Вассиан. Его хиротония во епископа Егорьевского, викария Рязанской епархии, состоялась 8 августа 1921 г.