Во время Харьковского собора УПЦ 1992 г., который решительно осудил раскольнические действия бывшего митрополита Филарета, Варфоломей находился с визитом в Польше, откуда телеграммой сообщил, что согласен с решением большинства архиереев. Перемены, происшедшие в его взглядах на автокефалию и деятельность митрополита Филарета, стали причиной крайне враждебных действий раскольников против Волынского архиерея и его епархии. 11 августа 1992 г. Волынская областная госадминистрация приняла решение о передаче луцкого Троицкого кафедрального собора, а также зданий епархиального управления и Волынской духовной семинарии раскольнической Украинской православной церкви Киевского патриархата (УПЦ КП). На следующий день националисты, возглавляемые депутатом Верховного совета Украины Александром Гудымой, а также раскольническим «епископом» Спиридоном Бабским, захватили кафедральный собор, епархиальное управление, здание духовной семинарии. По свидетельству Вышгородского епископа Павла (Лебедя), бывшего в то время клириком Волынской епархии, Варфоломей в ходе этих событий подвергся оскорблениям. Православные верующие смогли отстоять в Луцке лишь один Покровский храм, при котором с этого времени разместились епархиальное управление и духовная семинария. Тяжело пережив разгром Волынской епархии, Варфоломей направил в Священный Синод УПЦ прошение о переводе на другую кафедру. 25 августа 1992 г. он был назначен епископом Николаевским и Вознесенским, с 23 июня 1993 г. Варфоломей – епископ Сумской и Ахтырский, с 27 июля 1995 г. – епископ Ровенский и Острожский, 23 ноября возведён в сан архиепископа. Возглавляемая им Ровенская епархия в настоящее время является одной из крупнейших в УПЦ. В епархии возрождены два мужских и четыре женских монастыря, в том числе Дерманский во имя Святой Троицы и Межиричский во имя Святой Живоначальной Троицы. Открыты Корецкое регентско-катехизаторское училище и Городокское училище регентов-псаломщиков, ректором которого является архиерей. Действуют 97 воскресных школ и два братства, издаются две газеты. Положение епархии осложняется непрекращающимися попытками захватов храмов и другими враждебными действиями со стороны раскольников (на территории епархии действуют 217 общин УПЦ КП, 17 общин Украинской автокефальной православной церкви и др.). Варфоломей ведёт затяжную борьбу за возвращение епархии Воскресенского кафедрального собора в городе Ровно; в настоящее время в качестве кафедрального собора используется подвальное помещение нижнего храма Воскресенского собора, крайне тесное и неудобное для совершения богослужений. 28 августа 2014 г. за литургией в Киево-Печерской лавре митрополитом Киевским и всея Украины Онуфрием (Березовским) Варфоломей возведён в сан митрополита. Награждён орденами РПЦ св. Владимира третьей степени (2000 г.), Сергия Радонежского второй степени (2003 г), князя Даниила Московского первой степени (2008 г.), орденами УПЦ преподобных Антония и Феодосия Печерских второй степени (2003 г.), «Рождество Христово – 2000» первой степени (2001 г.), орденом Польской православной церкви равноапостольной Марии Магдалины второй степени (1997 г.), а также государственным орденом Украины «За заслуги» третьей степени (2001 г.).