В 1667 г. царь Алексей Михайлович пожаловал Вяжищскому монастырю дворцовое село Холынья с деревнями и пустошами в Деревской пятине. В 1681 г. на месте обветшавшего Никольского храма заложили одноимённый собор, освящённый в 1685 г. митрополитом Новгородским Корнилием: двухэтажный, 4-столпный, пятиглавый, окружённый папертью и галереями. С западной стороны фасада в него ведёт 2-всходное крыльцо с двумя симметричными «полатками», увенчанными шатрами (восстановлены на основе описи 1698 г.). Площадка (рундук) крыльца имеет бочковый свод (следы утраченного бочечного покрытия обнаружены в процессе натурных исследований). Тип храма, его декоративное убранство (наличники окон в виде двойных кокошников, вертикальные и горизонтальные фризы из ширинок с изразцовыми заполнениями, аркатурные пояса барабанов) обнаруживают стилистическое сходство с храмами в Поволжье. В 1691 г. в подцерковье собора, над могилой Евфимия, был освящён придел в его честь. Здесь хранились вериги святителя и его мощи под спудом. После пожара 1688 г. была разобрана надвратная Антониевская церковь. В 1694–1698 гг. взамен сгоревшей была построена двухэтажная трапезная церковь во имя апостола Иоанна Богослова (освящена 8 декабря 1702 г.) с приделом в честь Вознесения Господня (освящена 2 декабря 1708 г.). Кубический объём храма должны были венчать пять глав, но во время бури 1698 г. кровля была снесена, и храм после восстановительных работ в 1702 г. получил одноглавое завершение, пятиглавие было восстановлено в 2005 г. при проведении реставрационных работ. Трапезная палата (здание на высоком подклете) соединяет церковь с Никольским собором. В западной части трапезной, над настоятельскими покоями, в 1708 г. была сооружена 8-гранная 2-ярусная колокольня, увенчанная пятью главками. В начале XVIII в. в северной линии монастыря были построены два каменных корпуса: двухэтажный с кельями и одноэтажный хозяйственный. Парадный монастырский ансамбль окружила деревянная (с начала XIX в. – каменная) ограда, внутри которой была построена конная мельница. В результате ремонтных работ в 1820–1830 гг. изменились формы завершений на храмах, колокольне, крыльцах. Уникальной особенностью архитектурного ансамбля является убранство фасадов и интерьеров полихромными (ценинными) изразцами, выполненное в первой четверти XVIII в. Особенным богатством изразцового декора отличается церковь во имя апостола Иоанна Богослова.