В предисловии к «Синопсису» были изложены жалобы православных на притеснения, чинимые униатами. В самой книге в хронологическом порядке перечислены права и привилегии, какие со времени Крещения Руси по 1632 г. были даны сначала русскими, потом литовскими князьями и польскими королями западнорусскому народу, причём указывалось на то, что эти права давались именно русским, состоящим под властью Константинопольского патриарха, а не униатам и что, в частности, те права, которые были пожалованы Виленскому братству, пожалованы именно православному братству, а не униатскому. Всё это подтверждалось ссылками на документы или свидетельствами польских историков – Мартина Кромера и Матея Стрыйковского. Сейм создал комиссию по рассмотрению споров между православными и униатами, в её заседаниях активно участвовали послы от Виленского братства. К элекционному сейму (сентябрь 1632 г.) Виленское братство подготовило и издало «Дополнение к Синопсису, или Подробнейшее объяснение Краткого описания» (Вильно, 1632 г.) с изложением полемики между православными и униатами, происходившей на конвокационном сейме. Королевич Владислав был вынужден собрать совет для рассмотрения жалоб, представленных православными послами. Результатом деятельности совета стало подписание королевичем 1 ноября 1632 г. «Статей для успокоения народа русского греческой религии», в которых было признано существование православной церковной иерархии в Речи Посполитой; о Виленском братстве в «Статьях» сказано, что взамен церкви Святой Троицы, находящейся у униатов, братству передаются три храма в Вильно – Воскресения Христова, св. Иоанна и св. Юрия на предместье. В 1633 г. король грамотой подтвердил право виленских братчиков принимать пожертвования, беспрепятственно распоряжаться движимым и недвижимым имуществом, вернул братству право именоваться Свято-Троицким (ранее Свято-Троицким признавалось только униатское братство). Согласно королевскому привилею 1635 г., только в виленской и киевской школах разрешалось преподавать латынь и греческий. В 1648 г. братская типография прекратила работу, т.к. из-за широкого употребления польского языка книги на церковнославянском не имели спроса, кроме того, издание богослужебной литературы началось в Киеве. Осенью 1677 г. в Свято-Духовом храме по приглашению братчиков читал проповеди иеромонах (впоследствии митрополит Ростовский) Димитрий (Туптало). В 1749 г. сгорели Свято-Духовская церковь и корпуса братской школы, после чего занятия в школе не возобновились. Численность братства постоянно сокращалась, в последней четверти XVIII в. братчиками состояли несколько купцов и мещан. В 1795 г., после третьего раздела Польши, Вильно вошёл в состав Российской империи, Виленская губерния стала частью Минской епархии. Минский архиерей принял Свято-Духов монастырь в своё непосредственное управление, а приписные к монастырю церковные учреждения сделал самостоятельными. Виленские братчики сочли, что это ущемляет их права, и обратились с жалобой в Святейший Синод. Жалоба не была удовлетворена, братство вскоре перестало существовать. Виленское братство было возобновлено в 1865 г. митрополитом Литовским Иосифом (Семашко) в связи с необходимостью укрепления православия в Северо-Западном крае после подавления в 1864 г. польского восстания. В новом уставе братства его главными задачами были провозглашены «неуклонное служение нуждам и пользам православной Церкви и русской народности в Северо-Западном крае, содействие к распространению духовного просвещения в народе», «создание, поддержание и украшение православных храмов», «издание сочинений, направленных к обличению нареканий, клевет, происков и всевозможных посягательств на чистоту и целость Православия».