Братство также издало две проповеди архимандрита Леонтия (Карповича): «Казание двое: одно на Преображение Господа Бога и Спаса нашего Исуса Христа, другое на Успение Пречистое и Преблагословенное Владычицы нашое Богородицы Приснодевы Марии» (Евье, 1615 г.), а также два Слова на погребение архимандрита Леонтия: «Лямент у света оубогих на жалосное преставление... отца Леонтия Карповича» (Вильно, 1620 г.) и сочинение архиепископа Мелетия (Смотрицкого) «Казанье на честный погреб... Леонтия Карповича, номината епископа Володимирского и Берестейского, архимандрита виленского» (Вильно, 1620 г.). В 1620 г. Иерусалимский патриарх Феофан III (1608–1644 гг.) восстановил западнорусскую православную иерархию (патриарх также подтвердил устав Виленского братства). Среди кандидатов на архиерейство был архимандрит Свято-Духова братского монастыря Леонтий (Карпович), наречённый епископом Владимирским и Брестским. Из-за болезни архимандрит Леонтий в Киев не поехал и вскоре скончался, в архиепископа Полоцкого был хиротонисан другой член Виленского братства – Мелетий (Смотрицкий). Вернувшись в ноябре 1620 г. в Свято-Духов монастырь, архиепископ Мелетий возглавил Виленское братство, совершал в монастыре архиерейские богослужения, рукополагал священников и диаконов, что вызвало резкие протесты со стороны униатов. 22 марта 1621 г. был издан королевский универсал против новопоставленных православных епископов, в Вильно активизировались преследования православных, на Свято-Духов монастырь совершались нападения. В оправдание православных архиепископов Мелетий написал сочинение «Оправдание невинности», которое братство издало от своего имени в 1620 г. (два издания). Началась активная полемика. Позицию православной стороны защищал архиепископ Мелетий в трактатах «Защита Оправдания» (1621 г.), «Опровержение едких писем» (1622 г.) и др. (все эти сочинения были напечатаны в братской типографии). Исследователи полагают, что архиепископ Мелетий был автором также сочинения «Подтверждение невинности» (1622 г.), поданного Киевским митрополитом Иовом (Борецким) королю. С 1623 г., после отъезда архиепископа Мелетия на восток, во главе Виленского братства стоял ректор братской школы и проповедник, с 1625 г. – наместник Свято-Духова монастыря Иосиф (Бобрикович), в 1633 г. хиротонисанный во епископа Мстиславского. Одной из форм борьбы братчиков были регулярные протесты в судах и сеймах коронных земель и Великого княжества Литовского против действий униатской иерархии и католических властей (в частности, в 1613 г., после смерти Ипатия Потея, князь Б.М. Огинский и старосты Виленского братства внесли требование в трибунальный суд об утверждении Киевским митрополитом православного, требование осталось без ответа). Униатский митрополит Иосиф Вельямин Рутский в 1620 гг. писал о том, что Виленское братство со времени начала унии собрало среди своих членов более 200 тыс. флоринов для противодействия униатству. Важные для православной церкви последствия имело выступление представителей Виленского братства на конвокационном сейме 1632 г., созванном после смерти Сигизмунда III для подготовки избрания нового короля. Виленское братство послало на сейм со своими уполномоченными подготовленную и отпечатанную братством книгу, которая была роздана сенату и послам: «Синопсис, или Краткое описание прав, привилегий, свобод и вольностей, данных литовскими князьями и польскими королями народу русскому, находящемуся неизменно в послушании Константинопольскому Патриарху» (Вильно, 1632 г.).